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进化树专题（八）|系统进化树美化-iTOL

来源：“上海凌恩生物”微信公众号作者：一夕网址：https://mp.weixin.qq.com/s/17Ei3Kq4Y4EMInzoyl1JLA
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ITOL是Interaction Tree Of Life（网址：http://itol.embl .de/）的简称，它是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。而iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，并按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。

11.png

01

注册登录


22.png



02

上传tre格式文件，可以是tre文件也可以是nwk文件


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33.2.png



03

点击“phylogeny.tre”进入系统进化树的调整页面


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I. 基础调整Basic：主要用于调整进化树的形式（普通进化树、圆形和无根树）、标签、树枝的粗细颜色等；
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66.jpg

II. 高级调整Advanced：主要用于调整树枝顺序、长度，Bootstrap的显示形式等；
77.1.png
77.2.png

III. Datasets是对系统进化树的进一步调整，点击“Help->Help pages”见详情：
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（1）调整分支和标签的背景颜色
选中分枝->”Color”->”New color range”->填写Label并选择颜色；
可以选择Label标签、Clade分枝、Full全部、Off不显示颜色。
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99.2.png
99.3副本.jpg
（2）调整分枝的颜色和类型
选中分枝->”Color”->”Set clade color”选择颜色；选中分枝->”Style”->”Clade”选择线的类型和粗细。
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100.2.png
100.3.png
（3）Dataset的几种类型：总有一款适合你
110.1.png
110.2.png


找到需要的作图类型，下载注释文件模板。

iTOL的帮助页面（http://itol.embl.de/help.cgi）提供了example_data.zip可供学习参考。
120.1.png


120.2.png

除了“tree_of_life.tree.txt”是树文件，其他均为注释文件，可以以这些注释文件为模板，依据我们自己的数据生成期望的注释形式。
举例：
A. 注释文件multibar.txt
按模板编辑好注释文件后直接鼠标拖到iTOL网页即可。
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130.2.png
130.3.png
B. 注释文件colorstrip.txt
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140.2.png
IV. 导出图片
可导出3种图片格式，可根据需要进行选择。
150.1.png
150.2.png


最终获得图片：

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微信图片_20190708103527.png

凌恩生物成立于2014年，专注组学技术在科研领域的应用与研究。公司成立以来，技术团队参与的项目成果成功发表在《Nature》《Cell》《PNAS》等国际顶端学术期刊。

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