CUT-Tag（染色体靶向切割和标签化，Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种创新的研究蛋白质-DNA互作关系的表观基因组学技术，核心原理是利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白，通过抗体介导精准结合靶蛋白（如组蛋白修饰、转录因子），引导Tn5酶对靶蛋白结合的染色质区域进行特异性切割，同时完成标签化修饰以构建测序文库，结合高通量测序技术实现全基因组范围内蛋白-DNA互作位点的高效定位。突破了传统ChIP-seq技术依赖甲醛交联、免疫共沉淀的繁琐流程限制，无需复杂的染色质富集步骤，在保持样本天然染色质状态的前提下，高效获取表观遗传调控信息，为解析基因转录调控的分子机制和基因组上组蛋白修饰研究提供直接且可靠的分子证据。

• 流程简单，周期短：无需超声破碎和免疫共沉淀，缩短实验周期。

• 成本低：降低试剂与人力消耗，适配大规模样本检测。

• 样本适用广：少量样本即可开展实验，兼容多种样本类型，覆盖多领域研究需求。

• 重复性好，数据质量优：背景噪音低、信噪比高，可精准定位调控位点并捕获低丰度信号。

• 多组学兼容&转化价值高：可联合多组学构建“表观调控-基因表达-表型”调控链条。

重叠峰韦恩分析

目标蛋白结合峰的全基因组分布

目标蛋白结合基序相关基因KEGG富集分析

目标蛋白结合位点的基序富集分析

   案例一   

• 标题：CUT & Tag助力解析YY1乳酸化调控自身免疫性葡萄膜炎分子机制

• 期刊：Adv Sci

• 发表时间：2024

• 影响因子：14.3

视网膜中活化的小胶质细胞对于自身免疫性葡萄膜炎的发展至关重要。利用CUT & Tag技术，发现YY1乳酸化通过调节炎症基因（STAT3、CCL5、IRF1、IDO1和SEMA4D）的转录来促进小胶质细胞活化。此外，p300被鉴定为YY1乳酰化的修饰酶。抑制p300可降低YY1乳酰化，并在体内和体外抑制小胶质细胞炎症。研究证实YY1乳酸化通过上调炎性细胞因子分泌和促进细胞迁移和增殖来促进自身免疫性葡萄膜炎中的小胶质细胞功能障碍，靶向乳酸/p300/YY1 乳酸化/炎症基因轴，可以达到治疗自身免疫性葡萄膜炎的效果。

图 CUT&Tag分析YY1乳酸化靶基因及其功能

   案例二   

• 标题：CUT&Tag揭示糖尿病肾病调控新机制

• 期刊：Kidney International

• 发表时间：2025

• 影响因子：12.6

糖尿病肾病（diabetic nephropathy，DN）是全世界范围内导致慢性肾功能不全的最常见病因，内质网应激是导致高糖介导肾小管细胞损伤的重要驱动因素，但其关键调控机制尚未完全阐明；因此，研究采用CUT&Tag方法，绘制了HK-2细胞中GRP78-DNA互作全景图谱，证明了核易位后的GRP78主要结合到内质网蛋白加工（如ATF6、XBP1、RIPK1）和凋亡通路（如CASP3）的关键调控基因启动子区域，并显著增加上述关键基因表达水平，从而加重内质网应激。研究结果为DN的病理机制提供了全新视角，还为DN治疗提供了新的靶点与候选药物，具有重要的基础研究意义与临床转化价值。

图 CUT&Tag分析核糖蛋白78（GRP78）结合的靶基因

参考文献

1、Huang JX, et al. YY1 Lactylation Aggravates Autoimmune Uveitis by Enhancing Microglial Functions via Inflammatory Genes [J]. Adv Sci , 2024, 11(9): e2308031.

2、Yang R, et al. Protein UHRF1-mediated dual dysregulation of molecular chaperone GRP78 induces endoplasmic reticulum stress and aggravates diabetic nephropathy. Kidney Int. 2025 Nov;108(5):883-900. doi: 10.1016/j.kint.2025.07.023.