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项目介绍 DAP-seq（DNA亲和纯化测序，DNA Affinity Purification Sequencing）是一种创新的全基因组调控元件解析技术，核心原理是通过体外表达目标转录因子（TF），利用其与DNA的特异性亲和作用捕获结合片段，再结合高通量测序技术，实现全基因组范围内转录因子结合位点的精准定位。该技术突破了传统ChIP-seq依赖特异性抗体的技术瓶颈，无需进行复杂的体内染色质免疫沉淀实验，可直接在体外构建转录因子与基因组DNA的结合体系，高效获取转录因子调控靶标信息，为解析基因表达调控网络提供直接的分子证据。
核心原理 体外表达带标签（如His、Halo标签）的TF蛋白→与片段化基因组DNA（gDNA）孵育→利用标签抗体富集TF-DNA复合物→洗脱DNA进行建库测序→比对参考基因组分析TF结合的peaks→筛选TF的基因组富集区域DNA结合位点（motif），并鉴定TF潜在的靶基因。
图 DAP-seq的实验流程
项目优势
经典结果展示
目标转录因子至转录起始位点（TSS）的距离分析
目标转录因子结合峰在基因组功能元件上的分布
目标转录因子结合区域的motif富集分析
motif相关基因KEGG富集分析 经典案例 案例一
研究关注普通耐热的遗传基础，首先利用GWAS和RNA-seq鉴定到葡萄耐热性的一个关键基因TTC4，然后利用DAP-seq找到了它的两个靶基因HSP18.1和APX3。同时，关联分析及相关验证表明TTC4内含子中的SNP变异调控葡萄耐热性。TTC4的发现为解析葡萄耐热性的分子机制提供了宝贵的见解，也为葡萄及其他作物的分子育种提供了潜在的应用价值。
图 通过DAP-seq进行全基因组TTC4结合位点鉴定 案例二
由实生链核盘菌（Monilinia fructicola）引起的褐腐病可导致桃果实腐烂率高达30%-80%。转录因子MYC2和茉莉酸相关MYC2-like（JAM）在非模式植物（尤其是采后果实）中的抗病调控机制仍不清楚。研究首先利用RNA-seq和DAP-seq鉴定出了受PpMYC2调控且与桃果实抗病性相关的候选靶基因（PpPAL1、PpC4H、Pp4CL1、PpCSE和PpCCoAOMT1），发现这两类转录因子通过调控这5个靶基因来共同促进木质素合成，形成对抗果实软腐病菌感染的保护性应答。
图 通过DAP-seq与RNA-seq的联合分析，鉴定出PpMYC2的潜在靶基因
参考文献 1、Chen H, et al. A naturally occurring SNP modulates thermotolerance divergence among grapevines. Nat Commun. 2025 Jun 1;16(1):5084. doi: 10.1038/s41467-025-60209-2. 2、Li Q, et al. PpMYC2 and PpJAM2/3 antagonistically regulate lignin synthesis to cope with the disease in peach fruit. Plant Biotechnol J. 2025 Sep;23(9):3524-3539. doi: 10.1111/pbi.70177. |
