宏病毒组（Viromics）是指利用高通量测序技术对环境或宿主样本中的病毒群落进行全面研究，包括病毒基因组鉴定、多样性分析、功能预测及宿主互作等。病毒是地球上最丰富的生物实体，但由于其基因组小、变异快、缺乏保守标记基因（如16S rRNA），传统方法（如培养、PCR）难以全面检测。二代测序（如Illumina）因短读长限制，导致病毒基因组拼接困难且易漏检变异株。基于CycloneSEQ纳米孔测序凭借长读长（10kb以上）和无PCR偏好性的优势，可直接获取完整病毒基因组，显著提升新病毒发现率。该技术广泛应用于临床诊断、环境监测（污水、海洋病毒组）及病毒进化研究，尤其在新发传染病预警中发挥关键作用。

1. 超长读长，直接获取完整病毒基因组

2. 无PCR扩增偏好性，检测更全面

3. 高灵敏度与低丰度病毒检出

• 中文标题：奶牛瘤胃DNA病毒组及其与饲料效率的关系

• 发表期刊：Microbiome（IF:13.8）

• 发表时间：2025

• 样本类型：30头泌乳中期荷斯坦奶牛（高/低饲料效率各15头）

本研究整合二代测序（NGS）和三代测序技术，对30头中国荷斯坦奶牛瘤胃液进行分析，构建瘤胃DNA病毒组图谱。共鉴定出6922个病毒操作分类单元（vOTUs），包括 4716 个裂解性和 1961 个温和性vOTUs ，还注释了 2382 个辅助代谢基因（AMGs）。研究发现高、低饲料效率（FE）组奶牛瘤胃病毒种群存在显著差异，并提出两种瘤胃病毒影响FE的机制：一是裂解性病毒裂解与FE相关宿主细菌影响 FE；二是AMG介导宿主代谢变化影响 FE，为揭示瘤胃病毒与奶牛饲料效率关系提供新见解。

图 裂解性和温和性病毒的结构组成

图 瘤胃病毒通过影响宿主而影响饲料效率的机制

参考文献

[1]Rumen DNA virome and its relationship with feed efficiency in dairy cows. Microbiome,2025.