表达数量性状基因座 (Expression Quantitative Trait Loci, eQTL)，是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域，其mRNA/蛋白质的表达水平与数量性状成比例关系。eQTL一般分为两类：

（1）顺式eQTL（cis-eQTL），指与所调控基因相距较近的eQTL，多位于所调控基因的上下游1Mb区域；

（2）反式eQTL（trans-eQTL）：与cis-eQTL相反，反式指距离所调控基因位置比较远的eQTL，距离超过1Mb，甚至5Mb。

（图来源：https://mp.weixin.qq.com/s/-rK0pJi8N_HnsDjN-XQkVw）

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• 中文标题：利用水稻超级泛基因组，通过 eQTL 和 GWAS 组合分析发现关键的耐盐调节因子

• 发表期刊：National Science Review（IF:16.3）

• 发表时间：2024

• 样本类型：202个不同品种的水稻样本

本研究利用水稻超级泛基因组，对 202 份水稻核心种质进行转录组分析，在正常和盐胁迫条件下分别鉴定出 22345 和 27610 个表达数量性状位点（eQTL），关联 7787 和 9361 个 eGenes。结合全基因组关联研究（GWAS），确定STG5为关键耐盐候选基因，它通过调节OsHKT基因家族维持Na⁺/K⁺稳态来赋予水稻耐盐性，为挖掘水稻耐盐基因提供了重要资源。

图 顺式和反式eQTL鉴定分析

（DOI: 10.1093/nsr/nwae043）

参考文献

[1]Uncovering key salt-tolerant regulators through a combined eQTL and GWAS analysis using the super pan-genome in rice. National Science Review. 2024.