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宏基因组研究中,微生物-宿主互作是动植物科学研究的重点。但在此类型研究中,许多样本都存在高水平的宿主污染问题,例如肿瘤组织、血液、皮肤、口腔和鼻拭子等。即使宏基因组技术可以检测这些样本,也可能出现实验结果中超过90%的测序数据来源于宿主的情况,真正可用于微生态研究的数据往往因宿主基因组污染而大打折扣。传统的宏基因组测序方法难以有效分析这些样本中的微生物群落。 凌恩生物开发出解决这一难题的技术Dilute-Meta-Seq(稀释宏基因组),该项目是一种针对宿主污染程度较高的样本进行宏基因组学研究的技术服务,能够克服传统宏基因组测序在这些样本上的局限性。成功实现宿主污染显著降低的优势策略,为高质量的MAGs组装和宏组学研究提供了可行办法。 对宏样本进行不同梯度的极限稀释,单孔进行核酸提取及微量宏基因组建库测序,评估最优稀释倍数,剔除存在有宿主基因组污染的样本孔。基于无污染的宏基因组测序数据开展MAGs组装及宏基因组分析,可以获得单个微生物细胞的完整基因组序列,有助于发现新物种和研究微生物基因组多样性。 如下图所示:相比宏基因组测序,稀释宏基因组策略可有效去除宿主污染。 图 凌恩生物稀释宏基因组测序原理及流程示意图 技术优势
送样要求 该项目适用于受到宿主污染的样本类,如肠道黏膜、消化道上皮、口腔黏膜、皮肤表面、生殖道微生物、叶际/叶内微生物、海洋生物表面等宿主污染较严重的样本!具体取样量与老师研究物种有关,但不同类型的样本可能需要采用不同的采集和保存方法。具体情况请与凌恩生物当地销售或者市场技术部(:13032137192)联系! 凌恩生物真实项目测评 凌恩生物针对该项目已经进行了真实数据的测评,接下来让我们一起来看一下实测结果: A.宿主污染率:降低 实验样本为奶牛的瘤胃肠绒毛(S1)和结肠绒毛(S2),在稀释宏基因组的不同处理条件下(SX-1至6),宿主污染率从98%降低到平均5-15%,呈现显著降低的趋势。
图 宿主污染率 B.组装效果:提升 常规宏基因组在两种样本中都无法组装获得高质量的MAG(完整度90%以上,污染度5%以下),而在稀释宏基因组不同条件下,Binning聚类均得到了高质量MAGs。
图 组装效果展示 C.物种注释比例:提升 相比于常规宏基因组,在稀释宏基因组不同条件下,对Binning聚类得到的MAG进行物种注释,物种注释的比例得到了明显的提升。
图 MAG物种注释结果 |