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产品介绍

利用单细胞技术,可以对植物样本开展以前所未有的方式更准确、快速的进行组织细胞类型鉴定,并深入了解植物生长过程和生理变化过程中的基因表达和响应机制,这对了解植物生长发育、指导农业作物育种,研究植物生理生化过程有着积极影响。小编预计,植物的单细胞测序将成为科研领域下一个高能爆发点。

与反映群体细胞或整体组织基因表达情况的普通转录组测序(Bulk RNA-seq)不同,单细胞(核)转录组测序(single-cell RNA-seqscRNA-seqsingle-nucleus RNA-seqsnRNA-seq)是针对单个细胞(核)内的转录本进行扩增和高通量测序的一项新技术。单细胞(核)转录组测序可有效避免单个细胞的异质性被大量细胞的均质化所掩盖,单细胞转录组测序可以精准获得每个细胞的表达谱特征,对明确组织样本中细胞间的类型划分和相互作用有了更深一层的探究。

明确单个细胞的功能在研究细胞基因表达异质性、发育分化过程、机制研究、环境响应、医学及农业育种相关领域大放异彩。近几年来,单细胞转录组测序技术应用如火如荼。在揭示复杂细胞群体的异质性、发现新的稀有细胞类型、了解特定生命过程(发育、疾病演化、抗逆、次生代谢产物合成等)的表达调控机制等方面具有显著优势,是当下组学研究的热门领域之一。


分析原理

单细胞(核)转录组测序系统的关键技术是利用上百万独特的Barcode标记不同的样品细胞(核)。首先,含有Barcode序列的Gel beads与样品和酶的混合物混合,然后与油表面活性剂结合形成GEMsGel Bead-In-Emulsions,意为包裹Gel beads,样品以及酶的混合物的油滴)。收集GEMs 流到储液器,Gel beads溶解释放Barcode序列,开始对样本细胞(核)进行标记。将每个液滴中含有Barcode信息的产物混合,构建标准测序文库。

从细胞(核)样品提取到最终数据获得,样品检测、建库、测序等每一环节都会直接影响数据的数量和质量,从而影响后续信息分析的结果。为从源头保证测序数据准确可靠,凌恩生物承诺在项目所有生产环节都严格把关,从根源上确保高质量数据的产出。单细胞(核)转录组整体实验流程图如下:

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单细胞(核)转录组测序实验流程


技术流程


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技术优势


1研究对象广,如冻存样本以及较难制备原生质体组织均可适用,样品保存和运输更便捷;

2直接抽核, 降低细胞类型偏好性,获取更全面的细胞类型,发现稀有细胞类型,挖掘新Marker基因;

3避免酶消化导致应激基因表达,减少转录偏好

4核内基因更多保持了转录本的异构体和可变剪接信息;

5scRNA-seq在细胞分群上趋于一致,具有类似的基因检出率。


送样要求


1条件允许的情况下,我们建议用原始的植物培养条件来寄送活体材料,如盆栽或组培苗形式寄送---优先选择的方式。

2送冻存样本植物体上取新鲜幼嫩、生长旺盛的根部/叶片/花卉等研究目标组织 ,液氮速冻,然后干冰寄送。

3组织量的要求:组织量尽量达到1g或以上。这里建议取较新鲜幼嫩的部位开展实验,老组织细胞壁坚硬,难以酶解;新鲜幼嫩部位实验成功率更高。

4对于-80度长期冻存的组织材料也支持提核,组织量与运输要求同上。


分析示例


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