声明 凌恩生物拒绝接收《人间传染的病原微生物名录》中危害程度为第一、第二类的高致病组织、血液、细菌等样品,只接收提取得到的核酸样品。危害程度为第三、第四类的致病性或传染性的组织、血液、细菌等样品,必须事先通过销售与凌恩生物技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。样品寄送时应采用WHO提出的三级包装系统,第一层容器:装样品,要求防渗漏;第二层要求耐受性好、防渗漏,容纳并保护第一层容器;第三层容器:放在一个运输用外层包装内。在第二层包装注明“致病性样品,接收时请注意”字样,并在样品信息单上注明其危害程度及接收注意事项。此类样品寄送时销售务必邮件通知样品组,告知样品组相关寄送信息(快递单号、样品类型、样品数量)以及接收时的防护措施和注意事项。 提取风险提示和注意事项 核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高,望知悉及理解,并做好样本备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。 (1)组织冻存时间:样本不建议选取冻存时间过长的。组织离体后,细胞内核酸便开始降解了,因此在采集样本时,组织离体后应立即液氮速冻,时间≤5 min内完成。 (2)组织送样量:送样手册建议送样量适用于大部分物种的组织,某些组织因细胞内核酸量较低,需要适当增加送样量,例如动物皮肤、肌肉,植物根、果实等。请严格按照本送样手册的相关要求送样。 (3)组织样本保存:建议选择液氮速冻,若条件不允许,可放入-80℃冰箱冻存。若组织发生过冻融,则提取成功的可能性几乎为零,请确保组织未发生过冻融情况。样本保存时间超过一年的组织不建议送样。(动物组织可使用核酸保护液保存,但不建议使用于植物、菌类、细胞或是微量样本。) (4)送样组织部位要求:请确保寄送样本为目标组织部位,例如目标组织为叶片,动物肌肉组织等,则不能含有其他部位。提取实验无法精准取样,且不负责称重。若送样量过多,则随机选取适量组织进行提取;若样本量过少,无法进行多管混合提取,有此类特殊要求的,烦请自行提取核酸后送样。 (5)送样登记要求:所有样本均应标明准确的样本编号,同时配有一张样本登记表,写明样本名称、种类、编号、取样日期、样本处理情况等。若同一组织样本如需提取多种项目,请分成不同批次进行送样,并填写好样本信息单。 1 组织样本送样建议 (1)送样需要选择新鲜采集的样本,尤其是三代超长片段建库。样本的取材优先选择核酸含量相对较高的组织,植物样本如尽量选取幼嫩的组织,如幼叶,幼芽。海水类物种需要进行淡化处理。某些吸血性昆虫,例如蚊子,血吸虫,该类型样本需要进行切腹处理。 (2)组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。 (3)对于植物样本,建议在采集样本之前,将样本置于黑暗环境24-48小时后再取材。如果需要立即取材,请尽快采集好样本后,迅速置于低温保存或运输,减少植物中化合物的氧化对核酸的影响.。 (4)对于动物样本组织样品处理及切割过程应在冰上尽可能快速进行,时间过长会导致样品降解。反复冻融和长期保存的组织有更多的降解风险。客户应确保寄送之前组织没有被反复冻融 (5)对于动物组织,液氮冷冻方式是多数组织样品选取的处理方法。详解如下: (a)组织取样前需准备好冷冻组织的足量液氮,预装样品的15/50 mL冻存管,管盖须钻孔(防止管子内液氮体积膨胀爆炸),并在离心管内加满液氮; (b)组织离体后需快速清洗,立即浸入装有液氮的冻存管中彻底冷冻(避免将样品先放入离心管,再将离心管放到液氮中);样品彻底冷冻后,再将样品转至-80℃保存; (c)无法使用冻存管采集保存的样品,离体后仍需将样品立即浸入液氮彻底冷冻,再选用合适的容器包装,包装后需再浸入液氮中彻底冷冻一次,最后将样品转至-80 ℃保存。 (6)客户在送样之前需做好样品分离、解剖等处理,严禁寄送活体动物,提取组不便进行样品的解剖工作(如取昆虫的头部、动物的内脏等)。组织样品如需同时提取RNA和DNA,建议将样品分两份送样。 (7)血液样本要求为全血样本,并加入抗凝剂,推荐使用EDTA抗凝的采血管收集样品(由于会影响实验,不能使用肝素抗凝),冷冻后,干冰运输。应使用塑料材质的采血管送样,避免使用玻璃材质采血管送样或装液太满,以至冻裂。 1.1 DNA相关项目组织样本 1.1.1 制备建议 1.1.1.1动物样品 采集时建议活体取材后用预冷的0.9%生理盐水进行漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织和毛发等非研究组织,将样品分割成50 mg左右的小块(约黄豆大小,组织块越小,保存效果越好),样品分割和处理时应尽量在冰上进行,防止样品降解。避免装样太满以至冻裂,造成样品污染。 1.1.1.2植物样本 新鲜组织样,取样时尽量保留叶柄,用潮湿的吸水性较好的纸或纱布包裹,不要让材料干枯,但不能太湿,以免泡坏样品,材料珍贵的样品,请一片片叶片分开包裹,不要重叠,以防叶片烂毁浪费,新鲜材料的运输,从-20℃取出的冰袋不要直接接触样品,以免造成保湿用纸结冰,导致样品局部冻伤;冻存组织样,新鲜组织摘取后,立即液氮冻存,并放入预冷的冻存管、15ml/50ml离心管或者自封袋中,然后-80℃保存。如用锡箔纸包装组织样品,折叠时需有纹理可循,并将锡箔纸放入自封袋中,避免打开锡箔纸时样品洒落,干冰运输。 1.1.1.3常见土壤样本 按实验设计确定采样范围,取样器具需事先消毒灭菌处理。采样时应去除地表杂质,根据需要挖取相应深度(如5~20 cm)的土壤,置于冰上运至实验室。去除可见杂质,建议过2 mm无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取5~10 g,保存无菌EP管中,进行核酸提取,或-80℃保存备用。若不能自行提取,可置于干冰寄送至公司。 1.1.1.4水体样本 采样后进行滤膜过滤,选择合适孔径的滤膜,对于澄清水体或者略浑浊水体,选用0.22μm或者0.45μm的滤膜,取样体积大于5L;对于浑浊水体,建议先用大孔径的滤膜过滤一遍,再用小孔径的滤膜过滤;水体泥样的采集提供大于5g样本(其他环境采样方法请详见“环境样本采集操作指南”)。 1.1.1.5粪便样本 尽量避免尿液污染粪便,可以事先排尿,粪便尽可能排入洁净干燥容器内;用采样管中无菌勺挖取粪便中段没有接触空气和地面的部分,挖取一满勺(3-5 g)。小鼠至少3-5粒粪便;将挖取的粪便连同小勺一同放入采样管中,盖紧盖子。样品液氮速冻,置于-80℃冰箱保藏,干冰寄送到实验室。 1.1.1.6肠道内容物 在实验对象死亡后,用无菌解剖刀,在无菌状态下取出整个肠道,切取所需肠段的内容物(条件允许的话,可在无菌操作台进行);用无菌手术刀挖取内容物,立即放在冰上进行分装并标记;用灭菌离心管分装,单个样本取样量:200-500 mg/管为保证实验顺利进行,每个样本取多管备份,在采样允许的情况下,尽量多采集样品(其他医学研究采样方法请详见“医学研究样本采集操作指南”)。 1.1.1.7特殊样品类型 多糖多酚类植物,例如;番薯;次生代谢产物较丰富的植物,例如中药材植物,需加大送样量。 脊柱动物做BioNano选择娇嫩的器官,优先选择脾脏,肝脏,肾脏。取出的组织液氮速冻,-80℃保存,干冰运输。 1.1.2 送样量建议
1.3 基因组相关项目组织样本 1.3.1 制备建议 1.3.1.1动物细胞培养 总量:大于等于1x107 个细胞。PS:有多少送多少。 准备:新鲜细胞样本或在1xPBS 中加20%的甘油和20%的DMSO,-80℃冻存。 请在样本采集表中注明每个样本的总细胞数。建议每个样本多送2-3 份,以备重复抽提。 室温运输:新鲜细胞样本在充满培养液的T25 配样瓶中运输,运输时请用恒温容器2 天内送达(避免极环境温度) 干冰运输:冷冻细胞样本请在干冰环境运输,建议每24h 需加干冰2-3公斤以上。 1.3.1.2动物组织或血液 组织材料及总量:推荐最小组织用量参见下表: 组织样本准备:新鲜组织样本,取样后迅速液氮速冻,运输前保存至-80℃。 请勿发送已固定的组织材料。保存在2-8℃或-20℃的组织样本,DNA 质量和产量会下降。 血液样本保存:新鲜血液样本采用EDTA 抗凝剂收集。建议采用涂有EDTA的血液采集管采集新鲜血液,样本采集后迅速颠倒混匀8-10 次以确保抗凝剂混匀。如采样后立即送样,请保持送样环境4℃(冰袋运输)。如需储存送样,血液样本应立即液氮速冻,并-80℃保存。 运输:新鲜血液样本应在-4℃恒温环境运输(冰袋运输),冷冻组织及血液 样本应干冰运输,建议每24h 需加干冰2-3 公斤以上。 1.3.1.3植物组织 (1)植物线粒体 植物线粒体推荐选择下胚轴,叶绿体含量极低,线粒体含量极高,更容易获得完成图。 优选植物愈伤组织。无法培养愈伤组织的,可采用白化苗(叶绿体含量极低的组织)。可进行暗培养,建议取样前植株避光培养一周,获得白化苗。取样量建议5g左右。 (2)植物叶绿体 建议取样,植物绿色组织部分(幼嫩叶片等),取样量3-5g,取样前建议光照6h 以上,使样本中合成大量叶绿体,再进行取样。取样后,样本用锡箔纸包裹(或冻存管盛放),迅速过液氮速冻,转移至-80℃冰箱内冻存。 1.3.1.4菌体 1. 液体培养基摇菌操作及取样运输 摇菌操作: 1) (a)在超净工作台中,点燃酒精灯操作。镊子头在酒精灯上炙烤灭菌(每一瓶接种都行此操作)。 2) (b)在点燃的酒精灯附近,进行液体培养基的无菌分装,将液体培养基倒入无菌的试管(~3ml)中,酒精灯燎试管口后盖上无菌塞子,备用。 3) (c)用无菌的镊子夹取无菌牙签,挑取真菌菌丝,置入含有液体培养基的试管中(此过程操作注意不要触碰试管管壁,蘸有菌丝的一头置入液体培养基中)。酒精灯燎试管口后盖上无菌塞子。 4) (d)待所有的摇菌样本准备完毕后,从超净工作台中取出试管。倾斜75度角置于37℃摇床,转速220转,培养适宜时长(肉眼可见试管浑浊)。 菌体富集:(可将菌液在超净台转移至冻存管操作) 收集5-10ml菌液离心富集,4℃,10000rpm/min,离心5min.弃上清。菌体迅速置于液氮速冻,-80℃保存。 样本运输:干冰运输。干冰用量建议以3kg/day计算。一般建议10kg起。 2. 固体培养基平板培养操作及取样运输 平板培养操作: (a)在超净工作台中,点燃酒精灯操作。接种环在酒精灯上炙烤灭菌(每个平板接种都行此操作),并冷却。 (b)在点燃的酒精灯附近,打开固体培养平板的平皿盖,用接种环挑取真菌菌丝,在培养平皿上进行划线接种(此过程操作注意不要刺破固体培养基表面)。接种后酒精灯燎平皿口,盖上平皿盖,倒置平皿。 (c)待所有的样本接种完毕后,从超净工作台中取出,置于适宜培养条件的培养箱进行培养。 样本运输:平板样本需用封口膜将平皿进行严密封口,后用冰袋进行低温快递运输即可。 1.3.1.5动物线粒体 优选动物肌肉组织(如胸、腿部)对于类似虱子、蚜虫等等可送整只虫体。取样量1-2g。 1.3.2送样量建议
1.4 RNA相关项目组织样本 1.4.1 制备建议 处于不同发育阶段以及不同⽣长条件的样本中所含有的RNA的量是不同的,在某些实验条件下或某些病变部位获得的样本中RNA的量可能与常规相应样本有显著的差异。存储条件以及存储时间也是影响RNA得率的关键因素,一般来说从新鲜的样本中总是能够的到预期的RNA产量,但是没有保存在液氮或者-80°C冰箱中的样品是不可靠的。即使是保存在液氮或者-80°C 冰箱中的样品,如果存储时间过长,RNA产量也会显著降低。因此,实验中的细胞样本的需要量只能以本公司的抽提结果为准。 PS:送样样本尽量不要加保护剂,例如Trizol等。 1.4.1.1细胞样本 我们不接受不经Trizol试剂处理的细胞样本。客户如果提供冻存可复苏的细胞株,应首先验证所用的冻存⽅法用于RNA提取的可靠性,并且在送样时提供详尽的复苏⽅法,以便确保实验成功。 1.4.1.2原核菌体 收集对数期的菌液(OD600:0.8-1),确定细菌数量;取3-5ml的菌液离心去上清后置于1.5ml 离心管(RNase-free)中,;菌体沉淀放入液氮速冻,一个样本提供3-5管菌体;液氮速冻后的样本,放-80℃保存,干冰送样; 1.4.1.3血液样本 新鲜血液离心后分离血浆,也可以自己提取RNA。 或者采用BD 静脉真空采血管(全血 RNA 管)保存血液。 PS:全血无法做转录组,全血中含有很多beta珠蛋白,RNA会被大量珠蛋白污染,除非采用剔除珠蛋白的试剂盒。 1.4.1.4植物样本 尽量选取新鲜、幼嫩、生长状态良好的组织部位;纯净水或75%乙醇擦拭或冲洗组织表面;组织样本锡箔纸包好,置于冻存管,液氮速冻,-80℃长期保存,干冰运输。 1.4.1.5动物样本 动物组织的新鲜样本简单切碎放入5倍体积RNAlater保存,干冰运输;细胞样本离心富集,PBS重悬清洗,加入RNAlater或液氮速冻保存,干冰运输。 1.4.2送样量建议
1.5 代谢及蛋白相关项目组织样本 1.5.1 样品制备要求 (1)代表性和一致性原则:各组样本在取材部位、时间、处理过程等方面尽可能保持一致;取样部位要具有代表性,准确的分离病变组织和对照组织;针对高异质性组织,更需要做到精确取材; (2)迅速性原则:样本在采集、制备、分离、冻存等过程中应尽可能做到迅速,尽量减少操作过程过长对样品产生的影响。 (3)全程低温原则:所取样本离体后,如有分离步骤应在低温下进行,分离好的样品立即置于液氮、干冰或-80℃冰箱中,并在实验前始终处于-70℃以下,切忌反复冻融,以避免蛋白的降解。注:液体样本在冷冻之前保持竖立,确保全部样本留存在管底再冻存。 1.5.2代谢组学制备建议 1.5.2.1动物组织类 (1)动物组织样本:若取整个组织采用灌流法,用预冷的去离子水去除组织中的血液残留;若取部分组织则在破碎组织后用预冷的去离子水漂洗掉血液残留; (2)人组织样本:小的活检样本,快速用预冷的去离子水冲洗,去除血液残留;根据具体实验设计取特定的部位,250 mg/sample 装入离心管中;做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min;-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。 (3)对于类似斑马鱼大脑组织、小鼠海马组织等单个实验动物组织重量较小的样本,请咨询凌恩生物。 1.5.2.2细胞 (1)细胞样本处理步骤 (a)悬浮细胞样本:离心收集悬浮细胞,用预冷的PBS快速清洗 2~3次,4°C,1000g低速离心1min,弃去上清,收集细胞(细胞沉淀50μL)于2 mL进口离心管中,液氮速冻15min,-80°C保存,足量干冰运输。 (b)贴壁细胞样本(非靶&类靶):将培养好的细胞去除培养基,用预冷的PBS清洗2~3次,弃去上清,最后加入1mL预冷的80%的甲醇水溶液(色谱级),使用细胞刮将培养容器中所有细胞都刮取干净,进行细胞计数(107),转入2 mL进口离心管(冻存管)中,液氮速冻15min,-80°C保存,足量干冰运输。(建议设置复孔采用胰酶消化法进行细胞计数) (c)靶向代谢贴壁细胞样本:将培养好的细胞去除培养基,用预冷的PBS清洗2~3次,再加入少量PBS,用细胞铲刮下细胞,置于1.5mL离心管中,4℃,1000g低速离心1min,弃去上清,收集细胞于2mL进口离心管中,液氮速冻15min,-80°C保存,足量干冰运输。(设置复孔采用胰酶消化法进行细胞计数) (2)细胞培养基(研究细胞外代谢)处理步骤 吸取大于5mL贴壁细胞的培养基,1000g,4°C离心 1min,取全部上清,液氮速冻15min,冻存到-80°C冰箱内,足量干冰寄送。贴壁细胞PBS冲洗后尽可能去除干净上清,保证后续加入1mL甲醇水溶液后各样本的样本量一致。 1.5.2.3血浆、血清代谢组学样本处理方法 (1) 血浆样本处理步骤 推荐使用肝素钠抗凝管采集全血,幵尽快进行血浆分离:3000rpm 4°C离心 10min,取上层,0.2mL/管分装至2 mL 离心管中。做好标记后,液氮速冻15 min,-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。 (2)血清样本处理步骤 血液收集在离心管或真空采血管中 37°C(或室温)静置 1h 进行凝固分层。然后 3000rpm离心5min,取上清转至干净的离心管中。再 12000rpm 4°C离心10min,取上清分装到2 mL 离心管中,每管 0.2mL,做好标记后,液氮速冻15min,-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。 1.5.2.4 植物类 (1)叶片、茎、花 取整片叶片/一段茎/一朵花,用锡箔纸包裹幵标记后,迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。取出后迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。迅速放入-80°C 冰箱冻存。足量干冰寄送。 (a)采集叶片样本时,最好在中午光照好的时间收集。 (b)根据实验设计,采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等)。 (c)由于锡箔纸上 marker 笔标记容易模糊,所以建议同时在自封袋中放入标签纸注明。 (2)根 取整株植物的根部,迅速用 1×PBS 漂洗掉根上的泥土。根据具体实验设计取植株根特定的部位,500mg/sample 装入离心管中。做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。 (a)PBS漂洗时间要尽快; (b)由于根部组织特别脆弱,被挤压后会变成浆糊状,所以推荐保存至离心管中,不建议用锡箔纸包裹。 (3)果实、种子 对于含多汁、块头较大的果实(番茄、西瓜、苹果等)需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块(≈250mg/sample)分装至 2mL 离心管中,做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。 对于细小的颗粒种子(拟南芥种子、谷物种子等),可以先将同一组的植株种子混匀后再分装(≈250mg/sample)至2 mL 离心管中。做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。3)对于要求对整个果实进行提取的(整粒葡萄等),需要把果实装在 50mL 离心管中/自封袋中,做好标记后(同时放入自封袋中标签纸,注明样本信息)迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。 对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比),强烈建议将整个果实进行研磨、冻干,对粉末进行称重分装。不推荐用锡箔纸包裹。 (其他详见代谢组送样要求) 1.5.3代谢组学送样量建议
1.5.4蛋白组学制备建议 1.5.4.1植物组织 选取干净的目标部位组织,取材均一。若组织为果肉,需低温环境中去掉果皮和种子等;若有污物,离体前可以用水洗掉杂质,离体后可用预冷的PBS清洗污染物,用无尘纸吸干;将样品剪切成小块,装入预冷的离心管中,在液氮速冻5min以上,-80℃冰箱保存。柔软组织建议800mg~1g;木本植物的根、皮、枝等建议8g~50g;果实种子建议2g-5g。 1.5.4.2动物组织 选取干净的目标部位组织,取材均一。用生理盐水或PBS溶液清洗组织,无尘吸水纸快速吸去残留液体,将组织剪切成0.5cm小块或100mg左右小块,将组织块液氮速冻后,再装入预冷的冻存管中,液氮速冻5min以上,转移至-80℃冰箱冻存。软体动物先PBS洗涤去除污染物,再进行如上处理。建议送样量为200mg~2g。 1.5.4.3血浆 采集血液样本,建议使用BD EDTA血常规管(含抗凝剂),条件允许的情况下,可以选择BD Vacutainer®蛋白质组学产品BD P100组件或BD P800采血管(含抗凝剂和蛋白酶抑制剂)。采血后轻轻地180度上下颠倒混匀,持续8~10次,以混匀血液和添加剂,然后立即4℃,≤1300×g(根据物种稍微进行调整)离心10min。移液器将血浆转移到离心管中,立即添加蛋白酶抑制剂(如有条件),混匀后瞬时离心。最后将样品分装到0.5mL离心管内,每管150μL,-80℃冷冻样品。 1.5.4.4血清 收集全血至真空采血管(如BD vacutainer公司的红头真空采血管),4℃放置30~120min,4℃,≤1300×g(根据物种稍微进行调整)离心10min,移液器将血清转移到离心管中,立即添加蛋白酶抑制剂(如有条件),混匀后瞬时离心,最后将样品分装到0.5mL离心管内,每管150μL,-80℃冷冻样品。 1.5.4.5悬浮细胞 悬浮细胞培养至适当的密度后,800×g离心5~10min收集细胞至离心管中;弃上清后,PBS溶液洗三遍,每次均需要800×g离心5~10min,收集细胞至离心管中,最后用1mL PBS重悬细胞,转移至1.5mL离心管中,12000rpm离心1min,弃上清后再次快速离心5-10s,用移液器将残留液体完全吸弃,每管细胞沉淀体积保持在50μL左右,准备2~3管;液氮速冻后,-80℃冰箱保存。建议送样量5×106个(50μL细胞沉淀)。 (其他详见蛋白质组送样要求) 1.5.5蛋白组学送样量建议 1.5.5.1定性蛋白质组
1.5.5.2外泌体蛋白质组(Label-free)
1.5.5.3定量蛋白质组
1.5.5.4修饰蛋白质组
1.2 eDNA相关项目组织样本 1.2.1 制备建议 1.2.1.1水体样本 准备2L采样瓶,对采样瓶先用超纯水冲洗两次,将10%漂白剂浸没10分钟,然后用超纯水再次冲洗两次,备用。带手套将采样瓶没入水中,装满之后拿出,封口。取1-2 L左右水,使用0.22um滤膜过滤(有大颗粒杂质是可先过滤0.45um滤膜)。滤膜置于冻存管中,至少重复4管。注意:由于环境DNA存在一定的衰减,收集到水体后请尽快过滤膜。动植物细胞会存在一定损失。同一水域多次采集,一般每个样品做3-10个平行样,尽量覆盖采集区域以增加检测到目标物种的概率。样品珍贵,请老师做好好备份样本采集和保存。(其他方法请参照“环境DNA水体采样方法”) 1.2.1.2土壤样本(方法同1.1.1.3) 1.2.1.3活性污泥 从活性污泥装置中取大于10 ml的悬浮污泥样本(约5-10 g沉降物),保存无菌EP管中,放入液氮或置于冰上,立即运至实验室进行核酸提取,或-80℃保存备用。注:若液态污泥样本沉降物较少,可适当增加取样量。 1.2.1.4水体/地表沉积物 取距离水底/地表0-10 cm(具体按实验需要而定)的沉积物5~10 g,保存无菌取样袋或EP管中,置于冰上运送至实验室进行核酸提取,或-80℃保存备用。若不能自行提取,可置于干冰寄送至公司提取。 2 核酸样本送样建议 2.1 制备建议 (1)由于三代测序对样本质量要求较高,请务必按照以下送样标准,并仔细纯化样本,尽量避免多糖、蛋白质等残留。样本需要标注溶剂成分,溶解DNA的缓冲液不可含有EDTA,核酸样本不许含有以下物质:颗粒物质、螯合剂、二价金属阳离子、变性剂和洗涤剂、荧光染料,不得是EB凝胶回收产物。核酸样本不可反复冻融,不可存放于高温、极端PH环境中,建议干冰运输。 (2)DNA可溶解在TE buffer或ddH2O中,样品送样前需保持在4℃,碎冰邮寄,或根据具体情况用干冰邮寄,切忌反复冻融; (3)总RNA 于-80°C 冰箱保存,干冰运输。也可制成干粉,4°C(冰袋或碎冰)运输。 (4)含乙醇的DNA样本需提前告知 (5)所有的核酸样品,需要保存在1.5ml或2ml的EP管中。 2.2 送样量建议 2.2.1 DNA (1)DNA送样要求:
(2)PCR送样要求:浓度≥ 10 ng/μL,总量≥ 500 ng;条带单一、无接头污染、无引物二聚体、无降解,OD260/280:1.8-2.0,OD260/230 ≥1.0。 (3)核酸送样要求:浓度≥ 100 ng/μL,总量≥ 1 μg;OD260/280 ≥1.5,OD260/230 ≥1.0;2. 需要提前确定其致病性;3. 需提前确认是否需要富集。
2.2.2 RNA
2.2.3双链cDNA 浓度不低于5-10ng/μl,总量2μg以上。(提示:需进行去rRNA操作) 3 客户自建库文库送样建议 总量≥100 ng;浓度≥5 ng/μL;纯度OD260/280在1.8-2.0之间;DNA完整无降解,无RNA、蛋白质、多糖等污染。 构建PE文库,插入片段大小430bp(默认) 4 样本打包及寄送建议 4.1 样本的打包 4.1.1 组织样本 (1)建议根据送样量使用不同规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。 (2)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。 (3)使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。 (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。 (5)为便处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。 4.1.2 核酸样本 (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。 (2)为了防止样品运输途中由于干冰挤压而损坏,少于10管的样品建议将EP管放入50ml离心管,并在50ml离心管中用棉花或卫生纸固定;大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。 (3)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。 4.2 样本的名称标识 (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。 (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。 (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使Mark笔的标记模糊,建议用油性笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。 (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单(寄样)》保持一致。 附件 1 《人间传染的病原微生物名录》
附件 1 《人间传染的病原微生物名录》
*部分病原微生物名录,详细列表请参考卫生部印发的《人间传染的病原微生物名录》。 |