环境中存在着大量的不可培养微生物。受限于分离培养技术的瓶颈，以往技术难以获得这些微生物的高品质基因组信息。在既往研究中，利用宏基因组binning有助于获得不可培养微生物的全基因组序列，但存在着组装完整性差，污染率高等问题。
HiFi reads是PacBio公司推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，读长可达15-20Kb，准确性可达99.9%，通过HiFi测序，可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列，大幅提升组装效果，有效解决宏基因组组装Contig太短、基因不完整、基因簇破裂问题，打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念，并可为复杂微生物组的多方向研究提供高效解决途径。
① 突破培养组学瓶颈，解决不可培养微生物基因组研究难题 |
② 打造宏基因组研究Complete MAGs新概念 |
③ 质粒组（Plasmidom）和移动组（Mobileome）研究 |
④ 深入挖掘抗性基因及功能基因 |
⑤ 支持个性化定制，助力高品质科研成果 |
送样要求等，请在项目开展前详询凌恩技术人员。 |
期刊：Microbiome 影响因子：11.607 发表时间：2019年
由于人类肠道具有高度复杂性和多样性，阐明人类肠道中染色体外可移动遗传元件（eMGE，如质粒和噬菌体）的生态和生物学特性仍然具有挑战性。本研究通过PacBio测序技术从12个粪便样本中获得了82个eMGE contigs（2.5-666.7Kb），包括58个新质粒和6个新噬菌体，以及5个末端带有直接重复的crAssphages。拟杆菌属质粒均占主导地位，而抗生素抗性基因主要存在于低丰度变形杆菌属相关质粒中。
发表时间 | 文章标题 | 杂志名 |
2022 | Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities. | Nature Biotechnology |
2022 | Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta. | Nature Methods |
2022 | HiFi Metagenomic Sequencing Enables Assembly of Accurate and Complete Genomes from Human Gut Microbiota. | Nature Communications |
2022 | Improved microbial genomes and gene catalog of the chicken gut from metagenomic sequencing of high-fidelity long reads | Gigascience |
2022 | Long-Read Metagenomics Improves the Recovery of Viral Diversity from Complex Natural Marine Samples. | mSystems |
