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背景介绍

抗生素由于其广谱性和价格低廉被广泛应用于畜禽养殖及水产养殖业,但这些抗生素却不能完全被机体吸收,而大部分以原形或代谢物形式经粪便排出体外,并随着粪肥农用最终在土壤中吸附累积,造成污染,进而危害农业土壤生态安全。农业土壤抗生素污染已成为当前农业环境污染及生态安全研究的热点之一。将“土壤-作物-周围水体”作为一个整体,开展抗生素迁移转化和生态环境风险评估的相关研究,为确切全面地评估抗生素对中国农业土壤的污染和危害和农业土壤抗生素污染防治和环境风险评价提供科学依据。

微生物群落的结构、基因功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点。由于微生物的活动,使得微生物群落所在的环境样本及生物学样本具有生物活性功能,推动着自然界中重要的物质循环。因此,很多科学家在研究此类样本时更关注功能基因簇的序列特征,以及特殊功能基因(如抗性基因、毒力基因等)的种类及丰度等。凌恩生物的宏基因组抗性基因检测方案应运而出。通过宏基因组技术,高效准确的对环境样本中抗生素抗性基因进行定性定量。


实验流程

Illunima测序:

微测6.png



分析流程

送样要求

样本要求


样品类型1:环境样本(请使用干冰或者冰袋运送)

1)土壤≧5g

2)粪便≧2g

样品类型2DNA样品(请使用干冰或者冰袋运送)

1)DNA总量≧150ng

2)浓度≧5ng/ul



技术特色


  • 同时覆盖抗生素抗性基因、金属抗性基因和可移动基因单元。

  • 完整的参考数据库和直观的数据分类统计方式。

  • 直接基于reads进行注释和定量,结果更为准确

  • 多组学关联分析,可关联代谢组,蛋白组研究结果,全方面深化研究。

  • 原创性的分析方案,8大类共计超过50项的分析内容,文章发表级别的结果图。


分析示例

图 抗性基因丰度分析


图 相关性分析


图 核心基因集分析


图 抗性基因变化的环境驱动力

友情链接:南京英瀚斯