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产品简介

宏基因组Binning的方法,可以在自然环境样本中有效区分每个菌株基因组信息。Binning即是从微生物群体序列中将不同个体的序列(readscontigs)分离开的过程。主要用于微生物组的两方面应用:关联分析和单菌组装。



分析流程

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技术参数


实验策略

测序量

项目周期

400bp左右小片段文库

≧30G raw data

70个工作日



技术特色

  • 不依赖于微生物的分离培养,环境微生物单菌基因组(框架图)研究的一种新的途径和高性价比策略;

  • 可以得到环境中丰度较低的宏基因组,为研究低丰度微生物提供了途径;

  • 引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反应出微生物生存的真实状态;

  • 11项目服务,直接对接生信分析师,没有中间环节,沟通更高效;

  • 多组学关联分析,可关联代谢组等研究结果,全方面深化研究。


送样要求


样品类型

样品浓度样品总量

取样材料或者环境样本DNA

30ng/ul1ug



分析示例


宏基因组binning.png




部分凌恩客户文章


发表时间文章标题杂志名影响因子合作单位
2021An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminantsMicrobime14.65南京农业大学
2024Toward nitrogen recovery Cocultivation of microalgae and bacteria enhances the production of high value nitrogen rich cyanophycinWater Research12.8湘潭大学
2023Iron oxides act as an alternative electron acceptor for aerobic methanotrophs in anoxic lake sedimentsWater Research12.8

中国科学院

南京地理与湖沼学研究所

2023From waste to resource: Metagenomics uncovers the molecular ecological resources for plastic degradation in estuaries of South ChinaWater Research12.8

辽宁省海洋与渔业

科学研究院

2024Distinct microbial hydrogen and reductant disposal pathways explain interbreed variations in ruminant methane yieldThe ISME Journal11.217

中国科学院

农业研究所

2024Soil redox status governs within-field spatial variation in microbial arsenic methylation and rice straighthead diseaseThe ISME Journal11南京农业大学
2023Methylotrophic methanogens and bacteria synergisticallydemethylate dimethylarsenate in paddy soil and alleviate ricestraighthead disease
The ISME Journal11南京农业大学
2024Tracking investigation of archaeal composition and methanogenesis function from parental to offspring pigs
Science of the Total Environment9.8浙江省农产品安全与营养研究所
2024From disinfection to pathogenicity: Occurrence, resistome risks and assembly mechanism of biocide and metal resistance genes in hospital wastewaters
Environ Pollut8.9

上海交通大学医学院附属瑞金医院感染控制科

2024Characterization and genetic determination of a newly isolated cotinine-degrading bacterium Terrabacter sp. strain cot-2 from synergistic consortium
Journal of Cleaner Production8.3南京农业大学
2023Straw-based compost cultivation disproportionally contributes to the environmental persistence of antibiotic resistance from raw cattle manure to organic vegetablesMicrobiological Research6.7南京农业大学