简单序列重复(Simple Sequence Repeats)，又名SSR是一类由几个核苷酸（一般为1~6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。SSR分子标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。通过对样本基因组中SSR标记等DNA多态性的分析，可以得到样本DNA序列在遗传性状上的调控和差异，由于SSR标记在真核生物基因组中分布广，多态性丰富，具有很好的稳定性，通常为显性标记且符合孟德尔式遗传规律，信息量高等特点，因此被广泛应用于遗传图谱构建、目标基因标定，指纹图的绘制等研究中。
基于高通量测序技术，可针对全基因组范围进行SSR分子标记开发。
- DNA样本：总量≥1.0 μg，浓度≥20 ng/μl
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各类型SSR统计
SSR引物设计
ID | SSR nr. | SSR type | SSR | size | start | end | FORWARD PRIMER1 (5'-3') |
TRINITY_DN41187_c0_g1 | 1 | p2 | (CA)14 | 28 | 218 | 245 | CTCTGGCGTGTGCTTATTGC |
TRINITY_DN41152_c0_g1 | 1 | p1 | (A)12 | 12 | 615 | 626 | GCGGCTTCTCTAACACTGGA |
TRINITY_DN41133_c0_g1 | 1 | c | (AG)6g(A)14 | 27 | 330 | 356 | TTCTGGAAGATTGCCAGGGG |
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Tm | REVERSE PRIMER1 (5'-3') | Tm | PRODUCT1 size (bp) | start (bp) | end (bp) |
59.902 | CTCAGGTTGATGAGCCACGT | 60.037 | 275 | 88 | 362 |
59.753 | TCTGTGTGTGCATGTTGACA | 57.964 | 238 | 484 | 721 |
59.667 | AGTGATGATTGGCAGTTTGGC | 59.453 | 232 | 180 | 411 |
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