021-31021022 ;13032137192

产品介绍

简单序列重复(Simple Sequence Repeats)又名SSR是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。SSR分子标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术通过对样本基因组中SSR标记等DNA多态性的分析,可以得到样本DNA序列在遗传性状上的调控和差异,由于SSR标记在真核生物基因组中分布广,多态性丰富,具有很好的稳定性,通常为显性标记且符合孟德尔式遗传规律,信息量高等特点,因此被广泛应用于遗传图谱构建、目标基因标定,指纹图的绘制等研究中。

基于高通量测序技术,可针对全基因组范围进行SSR分子标记开发。


分析流程

ABUIABACGAAgi-D4oQYo0PLWvQQw-gk4lAM.jpg



送样要求


DNA样本

总量≥1.0 μg,浓度≥20 ng/μl

纯度

OD260/280:1.8-2.0



分析示例

基因组SSR开发.png



   SSR引物设计   

ID

SSR nr.

SSR type

SSR

size

start

end

FORWARD PRIMER1 (5'-3')

TRINITY_DN41187_c0_g1

1

p2

(CA)14

28

218

245

CTCTGGCGTGTGCTTATTGC

TRINITY_DN41152_c0_g1

1

p1

(A)12

12

615

626

GCGGCTTCTCTAACACTGGA

TRINITY_DN41133_c0_g1

1

c

(AG)6g(A)14

27

330

356

TTCTGGAAGATTGCCAGGGG

……









Tm

REVERSE PRIMER1 (5'-3')

Tm

PRODUCT1 size (bp)

start (bp)

end (bp)

59.902

CTCAGGTTGATGAGCCACGT

60.037

275

88

362

59.753

TCTGTGTGTGCATGTTGACA

57.964

238

484

721

59.667

AGTGATGATTGGCAGTTTGGC

59.453

232

180

411