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产品介绍

真菌基因组测序,可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图真菌基因组重测序。

真菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序,获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

菌基因组精细图测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,目前常用二代测序结合三代测序,可获得基因组精细图,下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

基于HiC组装的真菌基因组,Hi-C源于染色体构象捕获(Chromosome Confromation Capture,3C)技术。利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。

Hi-C技术根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率进行染色体聚类,在同一条染色体上互作概率随着互作距离的增加而减少,将同条染色体的contig或者scaffold进行排序和定向,从而达到辅助基因组组装,深度挖掘三维结构等信息。

凌恩生物真菌基因组染色体水平Hi-C组装研究方案,结合三代长读长测序与三维基因组技术,可实现染色体水平组装,获得真菌的染色体信息,深入挖掘真菌的基因组结构功能并可用深入泛基因组、系统进化等研究。


图片21.png

   Hi-C 辅助组装流程示意图   

真菌基因组重测序,基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNPInDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure VariationSV)等变异信息。

菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。



技术优势


  • 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;
  • 拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供适合的测序解决方案和快速的数据分析平台;
  • 技术人员经验丰富,可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果;
  • 拥有专业的生物信息团队,可提供个性化的生物信息分析服务;



技术策略


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真菌基因组扫描/重测序

真菌基因组精细

真菌基因组染色体水平组装

测序

策略

Illumina PE150 5Gb

Illumina PE150 5Gb+

三代(100x)


NGS 5Gb + PacBio >=200x + Hi-C >=100x


结果

特点

可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。

Scaffold N50>300k90%以上的contigscaffold能够定位到染色体上可提供多种高级分析选项,并支持个性化分析方法评估,助力科研深入。



技术流程



1681725137690.jpg   HiC辅助组装(真菌染色体水平组装)   



1681725236108.jpg   2代+3代+HiC辅助组装(真菌染色体水平组装)   



送样要求


01
02

Total DNA20 μg

浓度≥20 ng/μL

纯度OD260/2801.8-2.0之间

DNA完整无降解,

RNA、蛋白质、多糖等污染。




项目经验:真菌种属

真菌
百度
真菌百度真菌百度

Lasallia pustulata

脓疱性Lasallia pustulata

Trichoderma gamsii

木霉

Trichoderma longibrachiatum

长柄木霉

Aspergillus sydowii

sydowii曲霉菌

Mucor circinelloides

环状毛霉

Colletotrichum incanum

印加炭疽菌

Phialemoniopsis curvata

弯曲披线藻

Phycomyces blakesleeanus

blakesleeanus毛霉菌

Penicillium brasilianum

巴西青霉

Hypoxylon sp.

缺氧尼龙属

Bipolaris maydis

玉蜀黍平脐蠕孢

Pestalotiopsis microspora

小孢拟盘多毛孢

Alternaria tenuissima

细链格孢

Penicillium oxalicum

草酸青霉

Talaromyces stipitatus

柄篮状菌

Sphaerobolus stellatus

弹球菌

Saccharomyces cerevisiae

酿酒酵母

Trichoderma guizhouense

贵州木霉

Aspergillus terreus

土曲霉

Dendrothele bispora

双孢石斛

Penicillium chrysogenum

产黄青霉

Monosporascus sp.

单孢菌属

Phytophthora rubi

红宝石疫霉

Aspergillus niger

黑曲霉

Talaromyces amestolkiae

amestolkiae塔拉罗菌

Verticillium dahliae

大丽花黄萎菌

Protophormia terraenovae

原隐孢子虫

Rachicladosporium antarcticum

南极Rachicladosporium

Coccidioides immitis

球虫病

Ganoderma sinense

紫芝

Macroventuria anomochaeta

异头大文氏菌

Lichtheimia ramosa

横梗霉

Chaetomium globosum

球状毛壳菌

Trichoderma harzianum

哈茨木霉

Fusarium coffeatum

咖啡镰刀菌

Pestalotiopsis sp.

Pestalotiopsis sp.

害虫

Meyerozyma guilliermondii

吉列尔蒙迪介

Trichoderma parareesei

里氏木霉

Staphylotrichum longicolle

长柄葡萄球菌

Fusarium verticillioides

轮状镰刀菌

Colletotrichum fructicola

果实炭疽菌

Trematosphaeria pertusa

pertusa球形银耳

Cordyceps confragosa

confragosa虫草

Acremonium chrysogenum

产黄头孢霉

Stagonospora sp.

Stagonospora属

Candida haemulonis

血念珠菌

Stachybotrys chlorohalonata

氯盐藻

Hypsizygus marmoreus

蟹味菇

Corynespora cassiicola

多主棒孢霉

Talaromyces cellulolyticus

纤维素溶Talaromyces

Olea europaea

欧洲木犀

Lasiodiplodia theobromae

可可碱虫

Aspergillus taichungensis

太春根曲霉菌

Ophiocordyceps sinensis

冬虫夏草



分析示例

真菌基因组测序.png



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