真菌基因组测序，可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图和真菌基因组重测序。

真菌基因组扫描，即通过高通量测序技术，对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序，获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

真菌基因组精细图测序，即从头测序，是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个真菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，目前常用二代测序结合三代测序，可获得基因组精细图，下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

真菌基因组重测序，基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究，一般重点关注基因组变异（SNP、InDel等）情况，亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。

真菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

图 真菌基因组扫描项目分析流程

图 真菌基因组精细图项目分析流程

COG功能分类统计

GO功能注释统计

比较基因组共线性分析

全基因组结构变异类型配对图

直系同源基因venn图

系统进化树

1. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018.

2. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years.ISME(IF=9.493),2020

3. The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Penicillium digitatum.Genomics(IF=6.205),2021

4. A prospective study on vulvovaginal candidiasis: multicentre molecular epidemiology of pathogenic yeasts in China.J Eur Acad Dermatol Venereol (IF=6.166),2021

5. Comparative Genomics of Three Aspergillus Strains Reveals Insights into Endophytic Lifestyle and Endophyte-Induced Plant Growth Promotion.J. Fungi (IF=5.82),2022

6. Upregulation of a marine fungal biosynthetic gene cluster by an endobacterial symbiont.COMMUNICATIONS BIOLOGY (IF=4.165),2020

7. Black fungi and ants: a genomic comparison of species inhabiting carton nests versus domatia.IMA Fungus (IF=3.515),2022