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产品介绍 真菌基因组测序,可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图和真菌基因组重测序。 真菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序,获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。 真菌基因组精细图测序,即从头测序,是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个真菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,目前常用二代测序结合三代测序,可获得基因组精细图,下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。 真菌基因组重测序,基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNP、InDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息。 真菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
技术优势
技术策略
技术流程 图 真菌基因组扫描项目分析流程 图 真菌基因组精细图项目分析流程
送样要求
分析示例
GO功能注释统计 比较基因组共线性分析 全基因组结构变异类型配对图 直系同源基因venn图 系统进化树
项目经验(部分客户文章) 1. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018. 2. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years.ISME(IF=9.493),2020 3. The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Penicillium digitatum.Genomics(IF=6.205),2021 4. A prospective study on vulvovaginal candidiasis: multicentre molecular epidemiology of pathogenic yeasts in China.J Eur Acad Dermatol Venereol (IF=6.166),2021 5. Comparative Genomics of Three Aspergillus Strains Reveals Insights into Endophytic Lifestyle and Endophyte-Induced Plant Growth Promotion.J. Fungi (IF=5.82),2022 6. Upregulation of a marine fungal biosynthetic gene cluster by an endobacterial symbiont.COMMUNICATIONS BIOLOGY (IF=4.165),2020 7. Black fungi and ants: a genomic comparison of species inhabiting carton nests versus domatia.IMA Fungus (IF=3.515),2022
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