微生物多样性测序三代全长扩增子宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序宏基因组元素循环测序高宿主污染去除宏基因组项目HiC-Meta宏基因组三代全长宏基因组宏转录组差异表达测序环境宏病毒组测序医学宏病毒组测序动植物基因组Denovo测序细菌基因组测序项目真菌基因组测序项目病毒基因组测序项目简化基因组遗传图谱简化基因组GWAS测序BSA混池测序基因组SSR开发基因组重测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全长转录组(有参_无参)测序LncRNA测序Small RNA测序互作转录组测序比较转录组测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究5R 16S rRNA微生物多样性绝对定量 Spike-in种质资源数字化解决方案转座子插入测序(Tn-seq)PlantArray植物生理组平台UMI-RNA-seq技术染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序高通量土壤生物检测Astral蛋白质组学植物单细胞核转录组动物单细胞核转录组动物单细胞转录组单菌株单细菌转录组人肠道单细菌转录组10x单细胞转录组单细胞转录组(SMART)测序靶向代谢组分析非靶向代谢组分析ATAC-seqChip-seqRip-seq全基因组甲基化分析扩增子引物列表资料下载送样指南客户文章列表
021-31021022 ;13032137192

产品介绍

真菌基因组测序,可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图真菌基因组重测序。

真菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序,获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

菌基因组精细图测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,目前常用二代测序结合三代测序,可获得基因组精细图,下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

基于HiC组装的真菌基因组,Hi-C源于染色体构象捕获(Chromosome Confromation Capture,3C)技术。利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。

Hi-C技术根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率进行染色体聚类,在同一条染色体上互作概率随着互作距离的增加而减少,将同条染色体的contig或者scaffold进行排序和定向,从而达到辅助基因组组装,深度挖掘三维结构等信息。

凌恩生物真菌基因组染色体水平Hi-C组装研究方案,结合三代长读长测序与三维基因组技术,可实现染色体水平组装,获得真菌的染色体信息,深入挖掘真菌的基因组结构功能并可用深入泛基因组、系统进化等研究。


图片21.png

   Hi-C 辅助组装流程示意图   

真菌基因组重测序,基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNPInDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure VariationSV)等变异信息。

菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。



技术优势


  • 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;
  • 拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供适合的测序解决方案和快速的数据分析平台;
  • 技术人员经验丰富,可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果;
  • 拥有专业的生物信息团队,可提供个性化的生物信息分析服务;



技术策略


5df39b116bfee32ee054c6dfb6653384.png

真菌基因组扫描/重测序

真菌基因组精细

真菌基因组染色体水平组装

测序

策略

Illumina PE150 5Gb

Illumina PE150 5Gb+

三代(100x)


NGS 5Gb + PacBio >=200x + Hi-C >=100x


结果

特点

可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。

Scaffold N50>300k90%以上的contigscaffold能够定位到染色体上可提供多种高级分析选项,并支持个性化分析方法评估,助力科研深入。



技术流程



1681725137690.jpg   HiC辅助组装(真菌染色体水平组装)   



1681725236108.jpg   2代+3代+HiC辅助组装(真菌染色体水平组装)   



送样要求


01
02

Total DNA20 μg

浓度≥20 ng/μL

纯度OD260/2801.8-2.0之间

DNA完整无降解,

RNA、蛋白质、多糖等污染。




项目经验:真菌种属

真菌

真菌
真菌

Lasallia pustulata

脓疱性Lasallia pustulata

Trichoderma gamsii

木霉

Trichoderma longibrachiatum

长柄木霉

Aspergillus sydowii

sydowii曲霉菌

Mucor circinelloides

环状毛霉

Colletotrichum incanum

印加炭疽菌

Phialemoniopsis curvata

弯曲披线藻

Phycomyces blakesleeanus

blakesleeanus毛霉菌

Penicillium brasilianum

巴西青霉

Hypoxylon sp.

缺氧尼龙属

Bipolaris maydis

玉蜀黍平脐蠕孢

Pestalotiopsis microspora

小孢拟盘多毛孢

Alternaria tenuissima

细链格孢

Penicillium oxalicum

草酸青霉

Talaromyces stipitatus

柄篮状菌

Sphaerobolus stellatus

弹球菌

Saccharomyces cerevisiae

酿酒酵母

Trichoderma guizhouense

贵州木霉

Aspergillus terreus

土曲霉

Dendrothele bispora

双孢石斛

Penicillium chrysogenum

产黄青霉

Monosporascus sp.

单孢菌属

Phytophthora rubi

红宝石疫霉

Aspergillus niger

黑曲霉

Talaromyces amestolkiae

amestolkiae塔拉罗菌

Verticillium dahliae

大丽花黄萎菌

Protophormia terraenovae

原隐孢子虫

Rachicladosporium antarcticum

南极Rachicladosporium

Coccidioides immitis

球虫病

Ganoderma sinense

紫芝

Macroventuria anomochaeta

异头大文氏菌

Lichtheimia ramosa

横梗霉

Chaetomium globosum

球状毛壳菌

Trichoderma harzianum

哈茨木霉

Fusarium coffeatum

咖啡镰刀菌

Pestalotiopsis sp.

Pestalotiopsis sp.

害虫

Meyerozyma guilliermondii

吉列尔蒙迪介

Trichoderma parareesei

里氏木霉

Staphylotrichum longicolle

长柄葡萄球菌

Fusarium verticillioides

轮状镰刀菌

Colletotrichum fructicola

果实炭疽菌

Trematosphaeria pertusa

pertusa球形银耳

Cordyceps confragosa

confragosa虫草

Acremonium chrysogenum

产黄头孢霉

Stagonospora sp.

Stagonospora属

Candida haemulonis

血念珠菌

Stachybotrys chlorohalonata

氯盐藻

Hypsizygus marmoreus

蟹味菇

Corynespora cassiicola

多主棒孢霉

Talaromyces cellulolyticus

纤维素溶Talaromyces

Olea europaea

欧洲木犀

Lasiodiplodia theobromae

可可碱虫

Aspergillus taichungensis

太春根曲霉菌

Ophiocordyceps sinensis

冬虫夏草



分析示例

真菌基因组测序.png



部分凌恩客户文章

发表时间文章标题杂志名影响因子合作单位
2023Characterization of the depsidone gene cluster reveals etherification, decarboxylation and multiple halogenations as tailoring steps in depsidone assembly

Acta Pharmaceutica

Sinica B

14.5中国科学院大学
2018Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceumStudies in mycology11.663南京皮研所
2020Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 yearsISME9.493中国科学院植物生理生态研究所
2021The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Penicillium digitatumGenomics6.205杭州师范大学
2021A prospective study on vulvovaginal candidiasis: multicentre molecular epidemiology of pathogenic yeasts in China

J Eur Acad Dermatol

Venereol

6.166南京医科大学公共卫生学院
2024New Antibacterial Peptaibiotics against Plant and Fish Pathogens from the Deep-Sea-Derived Fungus Simplicillium obclavatum EIODSF 020

Journal of Agricultural

and Food Chemistry

6.1中国科学院
2022Comparative Genomics of Three Aspergillus Strains Reveals Insights into Endophytic Lifestyle and Endophyte-Induced Plant Growth PromotionJ. Fungi5.82南京农业大学生
2023Re-Examination of the Holotype of Ganoderma sichuanense ( Ganodermataceae , Polyporales ) and a Clarification of the Identity of Chinese Cultivated LingzhiJournal of Fungi5.724中国科学院微生物研究所
2024Adaptive responses of erythritol-producing Yarrowia lipolytica to thermal stress after evolution

Applied Microbiology

and Biotechnology

5浙江科技大学
2023The completed genome sequence of Pestalotiopsis versicolor, a pathogenic ascomycete fungus with implications for bayberry productionGenomics4.4浙江省农业科学院
2020Upregulation of a marine fungal biosynthetic gene cluster by an endobacterial symbiont

COMMUNICATIONS

BIOLOGY

4.165中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室
2023Biological Control of Wheat Powdery Mildew Disease by the Termite‐associated Fungus Aspergillus chevalieri BYST01 and Potential Role of Secondary Metabolites

PEST MANAGEMENT

SCIENCE

4.1安徽农业大学
2024Biological control of wheat powdery mildew disease by the termite-associated fungus Aspergillus chevalieri BYST01 and potential role of secondary metabolites

Pest Management

Science

4.1安徽农业大学