真菌基因组测序，可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图和真菌基因组重测序。
真菌基因组扫描，即通过高通量测序技术，对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序，获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
真菌基因组精细图测序，即从头测序，是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个真菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，目前常用二代测序结合三代测序，可获得基因组精细图，下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
基于HiC组装的真菌基因组,Hi-C源于染色体构象捕获（Chromosome Confromation Capture,3C）技术。利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。
Hi-C技术根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率进行染色体聚类，在同一条染色体上互作概率随着互作距离的增加而减少，将同条染色体的contig或者scaffold进行排序和定向，从而达到辅助基因组组装，深度挖掘三维结构等信息。
凌恩生物真菌基因组染色体水平Hi-C组装研究方案，结合三代长读长测序与三维基因组技术，可实现染色体水平组装，获得真菌的染色体信息，深入挖掘真菌的基因组结构功能并可用深入泛基因组、系统进化等研究。
Hi-C 辅助组装流程示意图
真菌基因组重测序，基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究，一般重点关注基因组变异（SNP、InDel等）情况，亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。
真菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
- 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠；
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- 拥有多种测序平台和强大的计算机资源，提供适合的测序解决方案和快速的数据分析平台；
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- 技术人员经验丰富，可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果；
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- 拥有专业的生物信息团队，可提供个性化的生物信息分析服务；
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 | 真菌基因组扫描 | 真菌基因组完成图 | 真菌基因组染色体水平组装 |
测序 策略 |
NGS（5Gb） |
NGS（5Gb）+三代（≥100x） |
NGS（5Gb）+三代（≥200x）+Hi-C（≥100x）
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结果 特点 | 可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。 |
Scaffold N50>300k；90%以上的contig和scaffold能够定位到染色体上。可提供多种高级分析选项，并支持个性化分析方法评估，助力科研深入。 |
真菌基因组扫描项目分析流程
真菌基因组精细图项目分析流程
2代+3代+HiC辅助组装(真菌染色体水平组装）
01
| 02
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Total DNA≥20 μg； 浓度≥20 ng/μL； 纯度OD260/280在1.8-2.0之间 | DNA完整无降解， 无RNA、蛋白质、多糖等污染。 |
真菌
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| 真菌 |
| 真菌 |
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Lasallia pustulata | 脓疱性Lasallia pustulata | Trichoderma gamsii
| 木霉 | Trichoderma longibrachiatum
| 长柄木霉 |
Aspergillus sydowii
| sydowii曲霉菌
| Mucor circinelloides | 环状毛霉
| Colletotrichum incanum
| 印加炭疽菌
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Phialemoniopsis curvata
| 弯曲披线藻
| Phycomyces blakesleeanus
| blakesleeanus毛霉菌
| Penicillium brasilianum
| 巴西青霉
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Hypoxylon sp.
| 缺氧尼龙属
| Bipolaris maydis
| 玉蜀黍平脐蠕孢
| Pestalotiopsis microspora
| 小孢拟盘多毛孢
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Alternaria tenuissima
| 细链格孢
| Penicillium oxalicum
| 草酸青霉
| Talaromyces stipitatus | 柄篮状菌 |
Sphaerobolus stellatus
| 弹球菌
| Saccharomyces cerevisiae
| 酿酒酵母
| Trichoderma guizhouense | 贵州木霉
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Aspergillus terreus | 土曲霉
| Dendrothele bispora
| 双孢石斛
| Penicillium chrysogenum | 产黄青霉
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Monosporascus sp.
| 单孢菌属 | Phytophthora rubi
| 红宝石疫霉
| Aspergillus niger | 黑曲霉
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Talaromyces amestolkiae
| amestolkiae塔拉罗菌
| Verticillium dahliae
| 大丽花黄萎菌
| Protophormia terraenovae | 原隐孢子虫
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Rachicladosporium antarcticum
| 南极Rachicladosporium
| Coccidioides immitis
| 球虫病
| Ganoderma sinense | 紫芝
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Macroventuria anomochaeta
| 异头大文氏菌
| Lichtheimia ramosa
| 横梗霉
| Chaetomium globosum | 球状毛壳菌
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Trichoderma harzianum
| 哈茨木霉 | Fusarium coffeatum
| 咖啡镰刀菌 | Pestalotiopsis sp. | Pestalotiopsis sp. 害虫
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Meyerozyma guilliermondii | 吉列尔蒙迪介
| Trichoderma parareesei
| 里氏木霉
| Staphylotrichum longicolle | 长柄葡萄球菌
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Fusarium verticillioides
| 轮状镰刀菌
| Colletotrichum fructicola | 果实炭疽菌
| Trematosphaeria pertusa | pertusa球形银耳 |
Cordyceps confragosa
| confragosa虫草
| Acremonium chrysogenum
| 产黄头孢霉
| Stagonospora sp. | Stagonospora属
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Candida haemulonis
| 血念珠菌
| Stachybotrys chlorohalonata
| 氯盐藻 | Hypsizygus marmoreus | 蟹味菇
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Corynespora cassiicola
| 多主棒孢霉
| Talaromyces cellulolyticus
| 纤维素溶Talaromyces | Olea europaea | 欧洲木犀
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Lasiodiplodia theobromae
| 可可碱虫
| Aspergillus taichungensis
| 太春根曲霉菌
| Ophiocordyceps sinensis | 冬虫夏草
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发表时间 | 文章标题 | 杂志名 | 影响因子 | 合作单位 |
2023 | Characterization of the depsidone gene cluster reveals etherification, decarboxylation and multiple halogenations as tailoring steps in depsidone assembly | Acta Pharmaceutica Sinica B | 14.5 | 中国科学院大学 |
2023 | A novel enrofl oxacin-degrading fungus, Humicola sp. KC0924g, isolated from the rhizosphere sediment of the submerged macrophyte Vallisneria spiralis L | International Microbiology | 11 | 上海市水产科学研究所 |
2020 | Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years | ISME | 9.493 | 中国科学院 |
2021 | The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Penicillium digitatum | Genomics | 6.205 | 杭州师范大学 |
2021 | A prospective study on vulvovaginal candidiasis: multicentre molecular epidemiology of pathogenic yeasts in China | J Eur Acad Dermatol Venereol | 6.166 | 南京医科大学 |
2024 | New Antibacterial Peptaibiotics against Plant and Fish Pathogens from the Deep-Sea-Derived Fungus Simplicillium obclavatum EIODSF 020 | Journal of Agricultural and Food Chemistry | 6.1 | 中国科学院 |
2022 | Comparative Genomics of Three Aspergillus Strains Reveals Insights into Endophytic Lifestyle and Endophyte-Induced Plant Growth Promotion | J. Fungi | 5.82 | 南京农业大学生 |
2023 | Re-Examination of the Holotype of Ganoderma sichuanense ( Ganodermataceae , Polyporales ) and a Clarification of the Identity of Chinese Cultivated Lingzhi | Journal of Fungi | 5.724 | 中国科学院 |
2024 | Adaptive responses of erythritol-producing Yarrowia lipolytica to thermal stress after evolution | Applied Microbiology and Biotechnology | 5 | 浙江科技大学 |
2025 | Metabolic Blockade-Based Genome Mining of Malbranchea circinata SDU050: Discovery of Diverse Secondary Metabolites | Marine Drugs | 4.9 | 山东大学药学院 |
2023 | The completed genome sequence of Pestalotiopsis versicolor, a pathogenic ascomycete fungus with implications for bayberry production | Genomics | 4.4 | 浙江省农业科学院 |
2022 | Expression of terpene synthase-related genes in parents and offspring of Flammulina filiformis based on differences in volatile aroma components | Food Chemistry: Molecular Sciences | 4.2 | 上海农业科学院 |
2025 | Chromosome-Level Genome Assembly and Annotation of the Highly Heterozygous Phallus echinovolvatus Provide New Insights into Its Genetics | Journal of Fungi | 4.2 | 中国林业科学研究院 |
2020 | Upregulation of a marine fungal biosynthetic gene cluster by an endobacterial symbiont | COMMUNICATIONS BIOLOGY | 4.165 | 中国科学院 |
2024 | Biological control of wheat powdery mildew disease by the termite-associated fungus Aspergillus chevalieri BYST01 and potential role of secondary metabolites | Pest Management Science | 4.1 | 安徽农业大学 |
2022 | Black fungi and ants: a genomic comparison of species inhabiting carton nests versus domatia | IMA Fungus | 3.515 | 济宁市第一人民医院 |
2024 | Discovery of Oxidized p-Terphenyls as Phosphodiesterase 4 Inhibitors from Marine-Derived Fungi | Journal of Natural Productsournal | 3.3 | 中国科学院 |
2代+3代+HiC辅助组装(真菌染色体水平组装） 
