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产品介绍 细菌基因组测序,可分为细菌基因组扫描、细菌基因组完成图和细菌基因组重测序。 细菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的细菌样本进行测序,获得细菌基因组框架图的研究。并可基于细菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。 细菌基因组完成图测序,即从头测序,是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,从而获得该细菌物种的基因组序列。并可基于细菌基因组完成图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。 细菌基因组重测序,基于已知参考基因组的细菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNP、InDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息。 细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
技术优势: 凌恩生物细菌基因组完成图项目,业内率先提出0N,0gap交付指标,并可实现多质粒细菌的质粒基因组研究、针对多质粒、异常GC含量及较大(genome size >=6Mb)的细菌基因组提供高水平交付,并可提供比较基因组学、泛基因组学等多层次深入研究个性化解决方案,是您细菌基因组研究的不二之选。
技术策略
技术流程 细菌基因组扫描项目分析流程 细菌基因组完成图项目分析流程
送样要求
分析示例 细菌基因组圈图 多质粒基因组圈图 病原-宿主互做注释 GI岛预测 比较基因组直系同源基因venn图 系统进化树构建 cgMLST菌株高精度分型及群体进化分析 比较基因组群体共线性分析
项目经验(部分客户文章) 1. A novel ATP dependent dimethylsulfoniopropionate lyase in bacteria that releases dimethyl sulfide and acryloyl-CoA.Elife(IF=8.146),2021 2. The Second Chromosome Promotes the Adaptation of the Genus Flammeovirga to Complex Environments.Microbiol Spectr(IF=7.171),2021 3. Increasing prevalence of hypervirulent ST5 methicillin susceptible Staphylococcus aureus subtype poses a serious clinical threat .Emerging Microbes & Infections (IF=7.163),2021 4. Genomic Investigation of Proteus mirabilis Isolates Recovered From Pig Farms in Zhejiang Province, China.Frontiers in Microbiology (IF=6.064),2022 5. Characterization of metabolite, genome and volatile organic compound changes provides insights into the spoilage and cold adaptive markers of Acinetobacter johnsonii XY27.LWT (IF=6.056),2022 6. Regulation of bla system in ST59-related oxacillin-susceptible mecA-positive Staphylococcus aureus.J Antimicrob Chemother(IF=5.79),2021 7. Tetracycline degradation by Klebsiella sp. strain TR5: Proposed degradation pathway and possible genes involved.Chemosphere(IF=5.778),2020
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