病毒（Virus）由一种核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质（Protein）构成或仅由蛋白质构成（如 朊病毒）。根据遗传物质的组成，将所有已知的病毒分为DNA病毒——单链DNA病毒，DNA病毒——双链DNA病毒，DNA与RNA反转录病毒，RNA病毒——双链RNA病毒，RNA病毒——单链RNA病毒、裸露RNA病毒及类病毒等八大类群。此外，还增设亚病毒因子一类。目前病毒约4000种，设有三个病毒目，64个病毒科，9个病毒亚科，233个病毒属，其中29个病毒属为独立病毒属。亚病毒因子类群，不设科和属。包括卫星病毒和prion（传染性蛋白质颗粒或朊病毒）。一些属性不很明确的属称暂定病毒属。

病毒根据宿主类型的不同，可以分为噬菌体（细菌病毒）、植物病毒（烟草花叶病毒）和动物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。

病毒基因组结构简单，一般只含有单一核酸，在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远，可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。

病毒全基因组测序，是指基于第二代高通量测序技术，对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息。