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产品介绍


病毒(Virus)由一种核酸分子(DNARNA)与蛋白质(Protein)构成或仅由蛋白质构成(如 朊病毒)。根据遗传物质的组成,将所有已知的病毒分为DNA病毒——单链DNA病毒,DNA病毒——双链DNA病毒,DNARNA反转录病毒,RNA病毒——双链RNA病毒,RNA病毒——单链RNA病毒裸露RNA病毒及类病毒等八大类群。此外,还增设亚病毒因子一类。目前病毒约4000种,设有三个病毒目,64个病毒科,9个病毒亚科,233个病毒属,其中29个病毒属为独立病毒属。亚病毒因子类群,不设科和属。包括卫星病毒和prion(传染性蛋白质颗粒或朊病毒)。一些属性不很明确的属称暂定病毒属。

病毒根据宿主类型的不同,可以分为噬菌体(细菌病毒)、植物病毒(烟草花叶病毒)和动物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。

病毒基因组结构简单,一般只含有单一核酸,在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远,可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。

病毒全基因组测序,是指基于第二代高通量测序技术,对病毒全基因组进行测序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息。



技术流程


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送样要求


1、分析病毒感染样本血清,-80保存干冰运输;

2DNA/cDNA总量2ug浓度100ng/ul无降解无粘稠无颜色异常,无RNA/蛋白质污染干冰寄送使用无DNase管存放标记清晰。





应用范围


  • 对全新的病毒进行测序,获得框架图/完整序列
  • 对基因组已知的病毒进行基因组重测序,进行多态性分析
  • 基因预测、功能注释和比较基因组学(SNPInDel. Pan-genome)分析
  • 多种基因预测软件确保基因预测的准确性



分析示例

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全基因组图谱



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全基因组结构变异类型配对图



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物种间进化树



项目经验


1. Isolation, characterization and comparison of lytic Epseptimavirus phages targeting Salmonella. Food Research International (IF=6.475), 2021.

2. Isolation and characterization of a novel phage vB_ValP_VA-RY-3 infecting Vibrio alginolyticus.Virus Research(IF=6.286),2022

3. RetS Regulates Phage Infection in Pseudomonas aeruginosa via Modulating the GacS/GacA Two-Component System.Journal of Virology(IF=5.942),2022

4. A Novel Polyvalent Bacteriophage vB_EcoM_swi3 Infects Pathogenic Escherichia coli and Salmonella enteritidis.Front Microbiol (IF=5.64),2022

5. The endolysin of the Acinetobacter baumannii phage vB_AbaP_D2 shows broad antibacterial activity.Microbial Biotechnology(IF=5.328),2020

6. A newly recorded Rickettsia of the Torix group is a recent intruder and an endosymbiont in the whitefly Bemisia tabaci.Environmental Microbiology (IF=5.147),2020

7. Isolation and Identifification of Type F Bovine Enterovirus from Clinical Cattle with Diarrhoea.Viruses(IF=5.048),2021.

8. Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China. Viruses(IF=5.048),2022

9. Genomic and phylogenetic analysis of the first myovirus isolated from Oceanospirillaceae, representing a novel viral cluster prevalent in polar oceans.Applied and Environmental Microbiology(IF=5.005),2022



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