021-31021022 ;15850554146

产品介绍


发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限,可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象,从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒,形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科:病毒宏基因组学(宏病毒组)

传统意义上有很多用于发现新病毒的方法,如病毒分离、核酸检验、血清学试验等,但它们都有一定的局限性。但利用高通量测序发现新病毒具有信息量大、对标本所含信息无偏倚、操作较简单、检测成本较低等独特优点,使得该技术已成为目前病毒发现的重要技术之一,其在病毒诊断、溯源、预警等方面具有实用意义。

病毒宏基因组测序,又叫宏病毒组测序(Virome),是直接以环境样本中所有病毒的遗传物质为研究对象,进行病毒分析生物学检测的技术,能够快速准确的鉴定出环境中所有病毒的组成,在病毒发现、病毒溯源、微生物预警研究等方面有重要作用。

2018年,全球病毒组计划 (The Global Virome Project) 启动,旨在鉴定出地球上大部分未知病毒。丰富病毒参考数据库如NCBIJGI,构建新的海洋病毒数据库(GOV)。病毒组序列鉴定分类,对于研究病毒与宿主功能互作意义重大!



技术流程


71.png



分析策略


72.png




应用范围


  • 直接或间接参与地球生物化学循环

  • 调控寄主群落结构

  • 病毒与寄主共进化推动地球生态系统的多样性




宏病毒样本类型及要求


Sample type

Volume or weight

Range of nucleic isolation (ng)

Seawater DNA viruses

100 liter

20-200

Human feces DNA viruses

500 mg

500-3,000

Human feces RNA viruses

500 mg

140-500

Marine sediments DNA viruses

1 g

50-100

Microbiolites DNA viruses

1 g

50-100

Coral tissue DNA viruses

1 g

60-100




分析示例


73.png

多样本物种分布条形图



74.png

相关性heatmap


75.png

多样本RDA/CCA分析



76.png

STAMP 分析(样本间)


项目经验

1. Gut microbiota dysbiosis is associated with sepsis-induced cardiomyopathy in patients: A casecontrol study. Journal of Medical Virology (IF=20.68),2022

2. Doubling of the known set of RNA viruses by metagenomic analysis of an aquatic virome .Nature Microbiology(IF=17.745),2020

3. Landscapes of Enteric Virome Signatures in Early-Weaned Piglets .Microbiology Spectrum(IF=7.17),2022

4. Metagenomic and metabolomic analyses show correlations between intestinal microbiome diversity and microbiome metabolites in ob/ob and ApoE/mice.Frontiers in Nutrition(IF=6.576),2022

5. Virioplankton assemblages from Challenger Deep, the deepest place in the oceans.iScience(IF=6.397),2022

6. Saline lakes on the Qinghai-Tibet Plateau harbor unique viral assemblages mediating microbial environmental adaption.iScience(IF=5.458),2021


友情链接:南京英瀚斯