|
产品介绍 物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费一部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。 互作转录组(Dual RNA-seq),无需分离互做物种,避免分离造成的干扰,只需构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。 该技术适用于研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
技术流程 分析流程 技术优势
送样要求
分析示例
各样品reads在unigene上覆盖情况的IGV展示图
表达量( FPKM scores )分布图 样品间聚类结果 差异基因可视化散点图及火山图
上下调差异基因GO注释柱形图
宿主-病原菌互作模型(使用 FCM 方法对差异基因聚类图)
宿主病原体互作网络图 项目经验(近期部分客户文章) 1. Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study.RSC Advances (IF=3.049), 2020. 2. Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms (IF=4.167), 2020. |