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产品介绍


物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。

互作转录组Dual RNA-seq,无需分离互做物种,避免分离造成的干扰,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。

该技术适用于研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。



技术流程

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分析流程




技术优势


  • 丰富的项目经验,组装和注释全方位分析基因表达水平和结构信息;

  • 11项目服务,直接对接生信分析师,没有中间环节,沟通更高效;
  • 多种个性化分析方案,全方位满足研究需要,助力科研成功。



送样要求


  • RNA总量:RNA总量≥2ug

  • RNA纯度:OD260/2801.8-2.0之间,核酸完整无降解。



分析示例


各样品readsunigene上覆盖情况的IGV展示图


表达量( FPKM scores )分布图



样品间聚类结果


差异基因可视化散点图及火山图




上下调差异基因GO注释柱形图




KEGG富集图




表达差异基因聚类图


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WGCNA共表达网络分析



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蛋白网络构建及分析(PPI)


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宿主-病原菌互作模型(使用 FCM 方法对差异基因聚类图)



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宿主病原体互作网络图



项目经验(近期部分客户文章)


1. Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study.RSC Advances (IF=3.049), 2020.

2. Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms (IF=4.167), 2020.



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