物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，而普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。

互作转录组（Dual RNA-seq），无需分离互做物种，避免分离造成的干扰，只需构建一个转录组文库，便能同时对2个（或多个）物种进行测序和分析，从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时，还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到两物种间的相互作用机制。

该技术适用于研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制；研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。

各样品reads在unigene上覆盖情况的IGV展示图

表达量( FPKM scores )分布图

样品间聚类结果

差异基因可视化散点图及火山图

上下调差异基因GO注释柱形图

KEGG富集图

表达差异基因聚类图

WGCNA共表达网络分析

蛋白网络构建及分析(PPI)

宿主-病原菌互作模型（使用 FCM 方法对差异基因聚类图）

宿主病原体互作网络图

1. Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study.RSC Advances (IF=3.049), 2020.

2. Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms (IF=4.167), 2020.