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微生物基因组测序

产品介绍

细菌基因组相对较小,具有重复序列较高、易于突变等特点,很有必要对细菌进行全基因组测序。细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌遗传进化机制、关键功能基因的重要工具。凌恩生物细菌基因组完成图研究唯一策略:NGS + Pacbio / Nanopore。

真菌基因组相对复杂,阐明真菌基因组特征在真菌遗传学研究、工业技术、治病机理研究等方面意义重大。

凌恩生物联合DovetailTMHi-C邻近连接技术,可跨越式获得Mb(兆)级基因组范围内的信息,实现真菌基因组染色体级别组装。

病毒基因组结构简单,一般只含有单一核酸,在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远,可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。


技术流程

微生物基因组测序技术流程.png


研究特色

1.纯手工拼接,人工确认组装质量;

2.可获得所有质粒、噬菌体等内源基因组;

3.复杂区域组装经验丰富;

4.细菌、病毒(噬菌体)完成图承诺0N,0Gap高品质结果交付;

5.PCR实验可验证,组装注释结果符合NCBI上传要求。


项目经验

凌恩生物专注于高品质细菌基因组完成图项目,公司成立以来,细菌基因组完成图交付数百例,客户满意度超过95%。对于大型单菌基因组,异常CG含量,多质粒的项目经验丰富。

可实现质粒基因组,BAC(细菌人工染色体)测序及完成图组装注释。

定制化分析服务:凌恩生物可以为客户提供1V1的个性化分析定制服务。

微生物基因组测序项目经验.png


送样要求

  • 样品类型:菌株DNA或者菌体;

  • 菌体样品需求量:

扫描图菌体样本:菌体不宜培养时间过长,以对数生长中期细胞最佳。收集至少30 D·mL的菌液对应的菌体沉淀(例:OD600=2,则需要取1.5mL菌液离心收集菌体;OD600=0.5,则需收取6mL菌液离心收集菌体);

完成图菌体样本:菌体不宜培养时间过长,以对数生长中期细胞最佳。收集至少500 D·mL的菌液对应的菌体沉淀(例:OD600=2,则需要取25mL菌液离心收集菌体;OD600=0.5,则需收取100mL菌液离心收集菌体);

  • DNA样品需求量:

扫描图基因组DNA:DNA总量≧1μg,浓度≧20ng/µL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰带明显且在2kb以上,无明显RNA污染;

完成图基因组DNA:DNA总量≧15μg,浓度≧50ng/µL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰带明显且在15kb以上,无明显降解,无明显RNA污染;


分析示例

基因组多质粒圈图

微生物基因组测序示例1.png


GI岛预测                         

微生物基因组测序示例2.png


泛基因组分析

微生物基因组测序示例3.png


菌株高精度分型

微生物基因组测序示例4.png


群体SNP分析                 

微生物基因组测序示例5.png


群体共线性分析

微生物基因组测序示例6.png


重组位点鉴定

微生物基因组测序示例7.png


凌恩项目经验(部分文章)

1.Emergence of plasmid-mediated oxazolidinone resistance gene poxtA from CC17 Enterococcus faecium of pig origin. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2019.(肠球菌完成图,IF=5.113)

2.Circulation and Genetic Diversity of Feline Coronavirus Type I and II From Clinically Healthy and FIP-Suspected Cats in China. Transboundary and Emerging Diseases, 2019. (猫冠状病毒FCoV完成图,IF=3.554)

3.Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in Mycology, 2018.(红毛/紫毛真菌精细图,IF=11.663)

4.Comparative genomic analysis of isoproturonmineralizing sphingomonads reveals the isoproturon catabolic mechanism. Environmental microbiology, 2016. (鞘脂菌完成图,多质粒,IF=4.974)

5.Biosynthesis of ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production of enhanced anti-tuberculosis agents. Nature Communications, 2017.(链霉菌完成国,IF=12.353)

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上海凌恩生物科技有限公司2014年成立于上海,是一家从事生物科研技术服务的高科技公司,专注于二代高通量测序与三代单分子测序服务在科研与人类健康领域的应用和研究。

       公司以北京大学、南京大学以及中国科学院等国内外高等院校与科研院所的专家教授作为技术依托,吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟,参与并完成多个高科技 项目。目前的研究成果发表在Nature、Cell、PNAS等国际顶尖学术期刊。随着二代测序的普及和三代测序的方兴未艾,上海凌恩以打造国内一流测序服务与试剂研发服务团队为目标,努力推进我国的基因组学科研与其在人类健康与农业领域的深度应用与发展。




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