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产品介绍


Hi-C源于染色体构象捕获Chromosome Confromation Capture,3C)技术以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。

结合多种测序测序手段,Hi-C技术可在单样本内实现辅助基因组组装,排序及定向,使“染色体级别基因组组装”成为可能。在大型动植物基因组研究中,通常先利用二代测序及三代测序技术获取数据进行组装,再借助Hi-C技术就可以序列轻松挂载到染色体上针对已有参考基因组的物种研究,在原有的基因组基础上,借助Hi-C技术可以大幅提升基因组质量。基因组研究领域Hi-C技术俨然已成为研究者不可或缺的技术手段。

凌恩生物推出大型动植物基因组多种整合技术手段组装,通过Hi-C建库辅助组装,结合三代测序及多种长片段读取技术,使得大型动植物基因组染色体级别的组装不再困难,让您的基因组研究“更上一层楼”。


技术原理


染色体级别基因组组装Hi-C建库1.png

(1)通过甲醛交联固定,将细胞内由蛋白质介导的空间上邻近的染色质片段进行共价连接;

(2)限制性内切酶进行酶切;

(3)使用生物素标记末端标记;

(4)将连接的DNA纯化后超声打断,并用生物素亲和层析,将生物素化的DNA片段分离,加上接头进行高通量测序。


技术流程

图片52.png


送样要求


组织

2-3g

核酸

15μg


技术特色


1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装、排序及定向;

2、精确率高,周期短,快速提升科研水平;

3、凌恩生物整合多种技术手段:可提供包括PacbioBionanoHi-CIllumina10X GenomicsChicagoNRGene在内的多种组装策略和研究方案

4、专业的基因组研究团队,核心技术负责人均10年以上领域研究经验;

5、完整的基因组学分析管理工具提供商,包括泛基因组分析、单倍型数据库构建、分子育种等等

6、提供基因组数据构建服务,让数据后期利用更加便利


分析示例

陆地棉海岛棉.png

期刊: nature genetics             影响因子:41.307             发表时间:2019

陆地棉和海岛棉在产量、适应性和品质方面存在显著差异,其中的机制尚不明确。本研究通过全基因组测序,Hi-C辅助组装,深入解析了四倍体棉花的起源及种间分化的遗传机制,揭示了陆地棉广适性及海岛棉优质的遗传基础。

  • 研究结果

1. 研究大幅提升了海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1基因组的完整性,尤其完善了在重复序列富集的着丝粒区域的组装。

2. 功能基因研究,深度挖掘与海岛棉优质纤维发育及陆地棉广适性密切相关的组学机制。


染色体级别基因组组装Hi-C建库.png

染色体级别基因组组装Hi-C建库4.png


水牛基因组.png

期刊: Nature Communications             影响因子:17.694             发表时间:2019

测序技术的快速创新和组装算法的改进使得哺乳动物基因组组装连续性达到染色体水平。本文采用了三维基因组ChicagoHi-CHiRise组装技术对水牛(Bubalus bubalis)基因组进行了染色体级组装。

  • 研究结果

1、水牛的基因组组装到了染色体水平(N50达到了117Mb)比之前的二代测序版本提升了一千多倍,Gap数仅为383个。

2、水牛基因组序列连续性方面超过了人类和山羊参考序列,并有助于注释难以组装的基因簇,例如主要的组织相容性复合体(MHC)。

  • 基因组组装策略

染色体级别基因组组装Hi-C建库5.png

  • 组装结果比较

染色体级别基因组组装Hi-C建库6.png

  • 水牛基因组染色体circos圈图

染色体级别基因组组装Hi-C建库7.png



部分凌恩客户文章

发表时间文章标题杂志名影响因子合作单位
2019Gossypium barbadense and Gossypium hirsutum genomes provide insights into the origin and evolution of allotetraploid cotton.

Nature

genetics

25.44浙江大学
2019Bi-directional Selection in Upland Rice Leads to Its Adaptive Differentiation from Lowland Rice in Drought Resistance and Productivity.

Molecular

Plant

9.326上海农业大学
2022The whole-genome assembly of an endangered Salicaceae species: Chosenia arbutifolia (Pall.) A. Skv.GigaScience7.463江苏省国家林业研究院
2022Genome sequencing and population resequencing provide insights into the genetic basis of domestication and diversity of vegetable soybean

Horticulture

Research

6.793浙江省农科院
2021The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Penicillium digitatumGenomics6.205杭州师范大学
2020The chromosome-level draft genome of Dalbergia odoriferaGigaScience5.993中国科学院热带林业研究所
2021Chromosome‐level genome assembly for the largemouth bass Micropterus salmoides provides insights into adaptation to fresh and brackish water

Molecular

Ecology

5.855中国科学院大学
2023A near complete genome assembly of chia assists in identification of key fatty acid desaturases in developing seeds

Frontiers in

Plant Science

5.6中科院分子植物科学卓越中心
2024Haplotype-resolved assembly of a pig genome using single-sperm sequencing

Communications

Biology

5.2中国农业科学院农业基因组研究所
2020The Chromosome-scale Genome of Melon Dissects Genetic Architecture of Important Agronomic TraitsiScience4.447浙江大学



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上海凌恩生物科技有限公司(简称“凌恩生物”)成立于2014年底,是一家从事生物科学研究技术服务的高科技公司,专注于二代高通量测序及三代单分子测序技术在科研、农业发展及人类健康领域的研究和应用。

公司成立至今,凭借IlluminaPacBio公司的二代及三代测序平台开展基因组学测序及生信分析服务,销售网络遍布全国,甚至为美国、德国、英国、日本、新加坡、马来西亚、也门等地的国际客户实现了跨国服务。秉持“以客户需求为本、为客户创造价值”的服务宗旨,以高品质、高效率的特色技术服务,获得科研用户的广泛赞誉,合作伙伴遍及全球。


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