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产品介绍

ATAC-seqAssay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing是一种研究染色质可及性的分子生物学方法,这种方法的目的是鉴定DNA的可触及区域,即未被组蛋白捕获的开放区域。在基因组上,有很多开放的染色质区域,是转录因子和转录元件的重要结合位点。ATAC-seq,仅需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。该技术利用T5转座酶,将测序的adaptor插入这些开放的转录因子结合区域,以优先标记和检测核小体之间的DNA序列,从而可以获得转录因子结合位点等关键信息(图)。

ATAC-Seq由于所需细胞量少,实验简单,可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法

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技术流程


ATAC.png


送样要求

  • 新鲜细胞:细胞活性≥80%,数量5w左右

  • 冻存细胞(包括动植物组织):细胞数量2.5-7w,复苏后活性>80%


技术优势

1. 样本起始量低,ATAC-seq只需50000个细胞即可开展。

2. 灵敏度高,可覆盖全基因组范围内各种大小范围的开放区域。

3. 周期短,实验流程更快速,有利于加快研究速度。



分析示例

ATAC1.png   

基因组测序深度累积分布图



ATAC2.png

基因及上下游测序深度分布图



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peak基因功能元件分布图



ATAC3.png ATAC4.png

peak相关基因的GO/KEGG富集分析



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peak及上下游reads表达水平热图

     

     

      上海凌恩生物科技有限公司2014年成立于上海,是一家从事生物科研技术服务的高科技公司,专注于二代高通量测序与三代单分子测序服务在科研与人类健康领域的应用和研究。

      公司以北京大学、南京大学以及中国科学院等国内外高等院校与科研院所的专家教授作为技术依托,吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟,参与并完成多个高科技 项目。目前的研究成果发表在Nature、Cell、PNAS等国际顶尖学术期刊。随着二代测序的普及和三代测序的方兴未艾,上海凌恩以打造国内一流测序 服务与试剂研发服务团队为目标,努力推进我国的基因组学科研与其在人类健康与农业领域的深度应用于发展。

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