QTL定位——数量性状在遗传上是由很多基因控制的，很大程度上受环境因素影响，控制数量性状的主效基因位点称为QTL（Quantitative Trait Locus）。QTL定位就是确定数量性状基因在染色体上的位置的方法。

微卫星标记（Microsatellite）也称为SSR，是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。使用全基因组低深度测序，可以在基因组序列中迅速鉴定SSR序列，并进行批量引物设计，用于SSR标记开发。

单核苷酸多态性（SNP），是基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性，广泛存在于基因组种，可作为重要的分子标记应用于医学及农业研究。

简化基因组测序技术利用限制性核酸内切酶识别基因组相关位点并进行酶切反应，然后对酶切获得的Tag序列进行高通量测序，可快速开发出成千上万的SNP，SSR分子标记，用于分子标记开发、群体遗传分析、遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体研究与分子育种领域等等。