全基因组关联分析（Genome-wide association studies）又称连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping）或关联作图（Association mapping），以连锁不平衡为基础，通过分子标记和性状表型进行相关性分析来鉴定与目标性状紧密关联的标记或候选基因。利用RAD或GBS技术对某物种群体进行测序和全基因组关联分析，与全基因组重测序相比，只获得均匀分布于基因组的酶切位点附近的序列信息，降低了基因组的复杂程度和成本，尤其适合物种基因组大、样本量大的研究项目。此外，基于RAD或GBS技术的GWAS不受参考基因组的限制，可开发无参考基因组物种性状相关的分子标记，为后期的育种工作奠定基础。

首先，对每个样品中的RAD-tag进行比对归类，按照每类tag的深度信息由大到小进行排序，得到每个个体的RAD-tag频数表。

然后，每个样品的RAD-tag内部进行比对得到样品内部的杂合位点信息。

接着，不同样品之间的RAD-tag进行互相的比对，寻找个体之间单碱基差异信息。

最后，综合考虑每个个体RAD-tag的频数表信息和比对信息，过滤掉可能来自重复区域的结果，从而得到高可信度的群体SNP标记基因分型结果。