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产品介绍


全基因组关联分析(Genome-wide association studies)又称连锁不平衡作图(Linkage disequilibrium mapping)或关联作图(Association mapping),以连锁不平衡为基础,通过分子标记和性状表型进行相关性分析来鉴定与目标性状紧密关联的标记或候选基因。利用RADGBS技术对某物种群体进行测序和全基因组关联分析,与全基因组重测序相比,只获得均匀分布于基因组的酶切位点附近的序列信息,降低了基因组的复杂程度和成本,尤其适合物种基因组大、样本量大的研究项目。此外,基于RADGBS技术的GWAS不受参考基因组的限制,可开发无参考基因组物种性状相关的分子标记,为后期的育种工作奠定基础。

   

技术流程

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首先,对每个样品中的RAD-tag进行比对归类,按照每类tag的深度信息由大到小进行排序,得到每个个体的RAD-tag频数表。

然后,每个样品的RAD-tag内部进行比对得到样品内部的杂合位点信息。

接着,不同样品之间的RAD-tag进行互相的比对,寻找个体之间单碱基差异信息。

最后,综合考虑每个个体RAD-tag的频数表信息和比对信息,过滤掉可能来自重复区域的结果,从而得到高可信度的群体SNP标记基因分型结果。



技术参数


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GBS

ddRAD

DNA总量

1ug

1ug

支持内切酶种类

ApekI, EcoRI, PstI

EcoRI, PstI, NlaIII组合

测序深度

基因组> 0.5x

基因组> 0.25x

周期

30个工作日,个性化分析需要根据实际情况而定

适用研究材料

所有作图群体、自然群体或者BSA极端混池样品



技术优势

  • 微量建库技术,DNA总量只需2ug即可,流程优化,项目周期显著降低;

  • 稳定可靠,已开展简化基因组样本数十万余例

  • 团队人员稳定,项目经验丰富核心技术负责人均10年以上从业经验,经验丰富创新性强,可提供个性化分析服务

  • 流程优化,项目周期显著降低;
  • 结合公共数据库样品信息联合分析,节省成本;
  • 提供基因组数据构建服务,让数据后期利用更加便利。



送样要求


样本选择

无明显亚群分化的自然群体,个体数不少于200

DNA样本量

总量≥0.5 μg,浓度≥10 ng/μl(单个样本)

纯度

OD260/280:1.8-2.0



分析示例


简化基因组GWAS测序.png


部分凌恩客户文章

发表时间文章标题杂志名影响因子合作单位
2022An ARF1-binding factor triggering programmed cell death and periderm development in pear russet fruit skin

Horticulture

Research

6.793浙江省农业科学院
2022Genetic evidence of transoceanic migration of the small brown planthopper between China and JapanPest Manag Sci4.845南京农业大学
2021Unraveling the Genetic Architecture of Two Complex, Stomata-Related Drought-Responsive Traits by High-Throughput Physiological Phenotyping and GWAS in Cowpea (Vigna. Unguiculata L. Walp)Front Genet4.599浙江农业科学院
2022Dissecting Genetic Basis of Deep Rooting in Dongxiang Wild RiceRice Science4.412华中农业大学
2023Mapping of a major QTL for increased robustness and detection of genome assembly errors in Asian seabass (Lates calcarifer)BMC Genomics4.4淡马锡生命科学研究所
2021Construction of high-density linkage maps and QTL mapping for growth-related traits in F1 hybrid Yunlong grouper (Epinephelus moara♀ ×E. lanceolatus)Aquaculture4.242中国水产科学研究院黄海水产研究所
2017Construction of an ultra‐high density consensus genetic map, and enhancement of the physical map from genome sequencing in Lupinus angustifolius

Theor Appl

Genet

4.132澳大利亚默多克大学
2024A comprehensive framework for the delimitation of species within the Bemisia tabaci cryptic complex, a global pest-species groupInsect Science4河北农业大学

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上海凌恩生物科技有限公司(简称“凌恩生物”)成立于2014年底,是一家从事生物科学研究技术服务的高科技公司,专注于二代高通量测序及三代单分子测序技术在科研、农业发展及人类健康领域的研究和应用。

公司成立至今,凭借IlluminaPacBio公司的二代及三代测序平台开展基因组学测序及生信分析服务,销售网络遍布全国,甚至为美国、德国、英国、日本、新加坡、马来西亚、也门等地的国际客户实现了跨国服务。秉持“以客户需求为本、为客户创造价值”的服务宗旨,以高品质、高效率的特色技术服务,获得科研用户的广泛赞誉,合作伙伴遍及全球。


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