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产品介绍

宏基因组(metagenome是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点,加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落,挖掘更多基因资源方面的应用。



分析流程

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技术参数


实验策略

测序量

项目周期

400bp左右小片段文库

常规 10G-20G raw data

50个工作日



技术特色

  • 不依赖于微生物的分离培养,克服了传统的纯培养方法的技术限制,为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略;

  • 可以得到环境中丰度较低的,为研究低丰度微生物提供了途径;

  • 引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反应出微生物生存的真实状态

  • 1对1项目服务,直接对接生信分析师,没有中间环节,沟通更高效

  • 多组学关联分析,可关联代谢组等研究结果,全方面深化研究。



送样要求


样品类型

送样要求

保存及运输

常规土壤

采样时应去除地表杂质,根据需要挖取相应深度(如 5~20 cm)的土壤,置于冰上运至实验室。去除可见杂质,建议过2 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g,保存无菌 EP 管中。

样本-80℃或液氮中长期保存,干冰运输
根际土壤

矮小植物:收集植物植株,去除根部大块土壤;摇动植株去除松散土壤,使用无菌刷子收集根部附着紧密的土壤;同一样方多点样本等量混合均匀,过2mm筛后,分装至2mL或更大体积的EP管或冻存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保证送样量在1~2g

高大林木:采集地面下10-20cm根际土壤,置于冰上运至实验室。去除可见杂质,建议过2-5 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g,保存无菌 EP 管中。

水体

采样后进行滤膜过滤,选择合适孔径的滤膜,对于澄清水体或者略浑浊水体,选用0.22μm 或者 0.45μm 的滤膜,取样体积大于 5L;对于浑浊水体,建议先用3-4cm 滤膜过滤一遍,再用小孔径的滤膜过滤;送样量:滤膜 1-2 张;水体泥样的采集提供大于 5g 样本。

活性污泥
地表沉积物

活性污泥:从活性污泥装置中取大于 10 ml 的悬浮污泥样本(约 5-10 g 沉降物),保存无菌 EP 管中,放入液氮或置于冰上,立即运至实验室。若液态污泥样本沉降物较少,可适当增加取样量。

水体/地表沉积物:取距离水底/地表 0-10 cm(具体按实验需要而定)的沉积物 5~10 g,保存无菌取样袋或EP 管中,置于冰上运送至实验室。

空气

使用空气抽滤机,使空气通过 0.22 μm 滤膜,滤膜上有可见覆盖物(过滤时间越长,收集的空气中的灰尘越多,菌数量越多),收集完成后取下滤膜。滤膜置于冻存管中,液氮速冻,干冰寄送到实验室。

粪便

无菌牙签或用无菌勺挖取粪便中段没有接触空气和地面的部分,挖取一满勺(3-5 g)。小鼠至少 3-5 粒粪便。将已取的粪便样品分装至2mL EP管(无菌)或冻存管(无菌)中,每管粪便量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份。

肠道内容物

在实验对象死亡后,无菌条件下,取出整个肠道,用无菌解剖刀切取所需肠段的,用无菌手术刀挖取内容物 ,立即放在冰上进行分装并标记,分装至2mL EP管(无菌)或冻存管(无菌)中,每管组织量为0.5~2g,每个样品分装2~3管备份




分析示例

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项目经验

1. Metagenomic insights   into the microbe-mediated B and K2 vitamin biosynthesis in the gastrointestinal microbiome of ruminants. Microbiome (IF=16.837),2022

2. An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of   ruminants. Microbime (IF=14.65),2021

3. Long-term efect of epigenetic modifcation in plantmicrobe interactions: modifcation of DNA methylation induced by plant growth promoting bacteria mediates promotion process. Microbiome (IF=14.65),2022

4. Initial soil microbiome composition and functioning predetermine future plant health. Science Advances (IF=13.293),2019

5.   Dietary selection of metabolically distinct microorganisms drives hydrogen metabolism in ruminants. ISME(IF=11.217), 2022

6. Tidal flat aquaculture pollution governs sedimentary antibiotic resistance gene profiles but not bacterial community based on metagenomic data. Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

7. Carboxylesterases from bacterial enrichment culture degrade strobilurin fungicides.Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

8. Para-chloro-meta-xylenol reshaped the fates of antibiotic resistance genes during sludge fermentation: Insights of cell membrane permeability, bacterial structure and biological pathways.Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

9. Metagenomic approach reveals the fates and mechanisms of antibiotic resistance genes exposed to allicins during waste activated sludge fermentation: Insight of the microbial community, cellular status and gene regulation. Bioresour Technol(IF=9.642),2020

10. Effects of persulfate treatment on the fates of antibiotic resistance genes in waste activated sludge fermentation process and the underlying mechanism. Bioresour Technol(IF=9.642),2020

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