上海凌恩生物科技有限公司

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转录组

eDNA

细胞器

微生物组学研究

产品介绍

宏基因组（metagenome）是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。

分析流程

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技术参数

实验策略	测序量	项目周期
400bp左右小片段文库	常规 10G-20G raw data	50个工作日

技术特色

不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；
可以得到环境中丰度较低的，为研究低丰度微生物提供了途径；
引入了宏观生态的研究理念，对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究，可以更准确地反应出微生物生存的真实状态；
1对1项目服务，直接对接生信分析师，没有中间环节，沟通更高效；
多组学关联分析，可关联代谢组等研究结果，全方面深化研究。

送样要求

样品类型	送样要求	保存及运输
常规土壤	采样时应去除地表杂质，根据需要挖取相应深度（如 5~20 cm）的土壤，置于冰上运至实验室。去除可见杂质，建议过2 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g，保存无菌 EP 管中。	样本-80℃或液氮中长期保存，干冰运输
根际土壤	矮小植物：收集植物植株，去除根部大块土壤；摇动植株去除松散土壤，使用无菌刷子收集根部附着紧密的土壤；同一样方多点样本等量混合均匀，过2mm筛后，分装至2mL或更大体积的EP管或冻存管中；每管土壤含量大概0.25~0.5g，需保证送样量在1~2g。高大林木：采集地面下10-20cm根际土壤，置于冰上运至实验室。去除可见杂质，建议过2-5 mm 无菌筛网。同一样方多点样本等量混合均匀后取 5~10 g，保存无菌 EP 管中。
水体	采样后进行滤膜过滤，选择合适孔径的滤膜，对于澄清水体或者略浑浊水体，选用0.22μm 或者 0.45μm 的滤膜，取样体积大于 5L；对于浑浊水体，建议先用3-4cm 滤膜过滤一遍，再用小孔径的滤膜过滤；送样量：滤膜 1-2 张；水体泥样的采集提供大于 5g 样本。
活性污泥地表沉积物	活性污泥：从活性污泥装置中取大于 10 ml 的悬浮污泥样本（约 5-10 g 沉降物），保存无菌 EP 管中，放入液氮或置于冰上，立即运至实验室。若液态污泥样本沉降物较少，可适当增加取样量。水体/地表沉积物：取距离水底/地表 0-10 cm（具体按实验需要而定）的沉积物 5~10 g，保存无菌取样袋或EP 管中，置于冰上运送至实验室。
空气	使用空气抽滤机，使空气通过 0.22 μm 滤膜，滤膜上有可见覆盖物（过滤时间越长，收集的空气中的灰尘越多，菌数量越多），收集完成后取下滤膜。滤膜置于冻存管中，液氮速冻，干冰寄送到实验室。
粪便	无菌牙签或用无菌勺挖取粪便中段没有接触空气和地面的部分，挖取一满勺（3-5 g）。小鼠至少 3-5 粒粪便。将已取的粪便样品分装至2mL EP管（无菌）或冻存管（无菌）中，每管粪便量为0.5~2g，每个样品分装2~3管备份。
肠道内容物	在实验对象死亡后，无菌条件下，取出整个肠道，用无菌解剖刀切取所需肠段的，用无菌手术刀挖取内容物，立即放在冰上进行分装并标记，分装至2mL EP管（无菌）或冻存管（无菌）中，每管组织量为0.5~2g，每个样品分装2~3管备份

分析示例

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项目经验

1. Metagenomic insights into the microbe-mediated B and K2 vitamin biosynthesis in the gastrointestinal microbiome of ruminants. Microbiome (IF=16.837),2022

2. An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminants. Microbime (IF=14.65),2021

3. Long-term efect of epigenetic modifcation in plant–microbe interactions: modifcation of DNA methylation induced by plant growth promoting bacteria mediates promotion process. Microbiome (IF=14.65),2022

4. Initial soil microbiome composition and functioning predetermine future plant health. Science Advances (IF=13.293),2019

5. Dietary selection of metabolically distinct microorganisms drives hydrogen metabolism in ruminants. ISME(IF=11.217), 2022

6. Tidal flat aquaculture pollution governs sedimentary antibiotic resistance gene profiles but not bacterial community based on metagenomic data. Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

7. Carboxylesterases from bacterial enrichment culture degrade strobilurin fungicides.Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

8. Para-chloro-meta-xylenol reshaped the fates of antibiotic resistance genes during sludge fermentation: Insights of cell membrane permeability, bacterial structure and biological pathways.Science of the Total Environment(IF=10.753), 2022

9. Metagenomic approach reveals the fates and mechanisms of antibiotic resistance genes exposed to allicins during waste activated sludge fermentation: Insight of the microbial community, cellular status and gene regulation. Bioresour Technol(IF=9.642),2020

10. Effects of persulfate treatment on the fates of antibiotic resistance genes in waste activated sludge fermentation process and the underlying mechanism. Bioresour Technol(IF=9.642),2020

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