微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16S rRNA测序、18S rRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用第二代高通量测序平台测定的16S/18S /ITS某个高变区域的序列，来反映环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异，对研究海洋、土壤、肠道粪便等环境中的微生物构成有重要的指导作用。

凌恩生物根据不同的研究目的和需求，扩增子测序可以细分为如下4个产品：

16S rRNA测序：16S rRNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，主要进行细菌或古菌的多样性分析。细菌核糖体RNA（rRNA）有三种类型：5S rRNA（120bp）、16S rRNA（约1540bp）和23S rRNA（约2900bp）。5S rRNA基因序列较短，包含的遗传信息较少，不适于细菌种类的分析鉴定；23S rRNA基因的序列太长，且其碱基的突变率较高，不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类；16S rRNA普遍存在于原核细胞中，且含量较高、拷贝数较多（占细菌RNA总量的80%以上），便于获取模板，功能同源性高，遗传信息量适中，适于作为细菌多样性分析的标准。16S rRNA编码基因序列共有10个保守区和9个高可变区。

18S rRNA测序：18S rRNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，反映样品中真核生物之间的种类差异。与细菌多样性分析类似，在真核微生物中也有三类核糖体RNA（rRNA），包括5.8S rRNA、18S rRNA和28S rRNA。18S rRNA基因是编码真核生物核糖体小亚基的DNA序列，其中既有保守区，也有可变区（V1-V9，没有V6区）。保守区域反映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则能体现物种间的差异，适用于作种级及以上的分类标准。

ITS测序：该类测序主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析。包含两个区域：ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间；ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。 ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS 2。在真菌中，5.8S、18S和28S rRNA基因具有较高的保守性，而ITS由于承受较小的自然选择压力，在进化过程中能够容忍更多的变异，在绝大多数真核生物中表现出极为广泛的序列多态性。同时，ITS的保守型表现为种内相对一致，种间差异较明显，能够反映出种属间，甚至菌株间的差异。并且ITS序列片段较小（ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp），易于分析，目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析。

功能基因扩增子测序：根据客户的研究需求，基于功能基因/持家基因/靶基因等，对特定基因的PCR产物进行测序。在自然界的各类环境中，都有微生物的存在，它们在各自的“岗位”上都发挥着或大或小、或多或少的作用。有一些具有特殊功能的微生物，由于其作用的重要性或特殊性而受到人们的广泛关注，这些具有特殊功能的微生物叫做功能微生物，如氨氧化细菌、硫细菌、硝化细菌等。它们在分类学上有可能差异很大，但却具有相同或类似的基因使其能够发挥同样的作用。支配这些功能细菌发挥重要功能的基因被称为功能基因，如amoA、dsrB、nxrA。目前凌恩生物已收集GeneBank中所有已知功能基因的序列及其对应的种属信息，构建自己的功能基因数据库。

Illunima测序：

PacBio测序（扩增子全长测序）：

• 二代16S rRNA
  

1 Phage combination therapies for bacterial wilt disease in tomato.Nature Biotechnology（IF=31.864），2019

2 Antimicrobial PCMX facilitates the volatile fatty acids production during sludge anaerobic fermentation: Insights of the interactive principles, microbial metabolic profiles and adaptation mechanisms.Chemical Engineering Journal（IF=16.744），2022

3 Long-term efect of epigenetic modifcation in plant–microbe interactions: modifcation of DNA methylation induced by plant growth promoting bacteria mediates promotion process.Microbiome（IF=14.65），2022

4 Competition for iron drives phytopathogen control by natural rhizosphere microbiomes.Nature Microbiology（IF=14.3），2020

5 Toward emerging contaminants removal using acclimated activated sludge in the gravity-driven membrane filtration system.Journal of Hazardous Materials（IF=14.224），2022

6 Diversity, function and assembly of the Trifolium repens L. root-associated microbiome under lead stress.Journal of Hazardous Materials（IF=14.224），2022

7 Combined remediation effects of biochar and organic fertilizer on immobilization and dissipation of neonicotinoids in soils.Environment International（IF=13.352），2022

8 Multiple hydrolyses of rice straw by domesticated paddy soil microbes for methane production via liquid anaerobic digestion.Bioresource Technology（IF=11.889），2022

9 Upgrading volatile fatty acids production from anaerobic co-fermentation of orange peel waste and sewage sludge: Critical roles of limonene on functional consortia and microbial metabolic traits.Bioresource Technology（IF=11.889），2022

10 Small changes in rhizosphere microbiome composition predict disease outcomes earlier than pathogen density variations.ISME（IF=11.217），2022

11 Dietary selection of metabolically distinct microorganisms drives hydrogen metabolism in ruminants.ISME（IF=11.217），2022

12 Suppression of the insect cuticular microbiomes by a fungal defensin to facilitate parasite infection.ISME（IF=11.217），2022

• 三代16S rRNA

1 ETS-1 facilitates Th1 cell-mediated mucosal inflammation in inflammatory bowel diseases through upregulating CIRBP.Journal of Autoimmunity（IF=14.511），2022

2 Small Intestine-specific Knockout of CIDEC Improves Obesity and Hepatic Steatosis by Inhibiting Synthesis of Phosphatidic Acid.Int. J. Biol. Sci（IF=10.75），2022

3 Bacterial dynamics of drinking water pipeline: A new perspective on dual effects of stagnation and algal organic matter.Water Research（IF=9.13），2022

4 Bacterial community structure and metabolic activity of drinking water pipelines in buildings: A new perspective on dual effects of hydrodynamic stagnation and algal organic matter invasion.Water Research（IF=9.13），2022

5 Linarin ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in C57BL/6J mice via the improvement of intestinal barrier, suppression of inflammatory responses and modulation of gut microbiota.Food Funct（IF=6.317），2022

6 Heat Stress Weakens the Skin Barrier Function in Sturgeon by Decreasing Mucus Secretion and Disrupting the Mucosal Microbiota.Frontiers in Microbiology（IF=6.064），2022

7 The Gut Microbial Co-Abundance Gene Groups (CAGs) Differentially Respond to the Flavor (Yao-Wei) of Chinese Meteria Medica.AM J CHINESE MED（IF=6.005），2022